Een chromofoor is het deel van een molecule dat verantwoordelijk is voor zijn kleur.

De kleur ontstaat wanneer een molecule bepaalde golflengten van het zichtbare licht absorbeert. Het zendt alleen andere golflengten uit of weerkaatst ze, wat de kleur veroorzaakt die wij zien.

In biologische moleculen die lichtenergie opvangen of detecteren, is de chromofoor het deel van het molecuul dat reageert wanneer het door licht wordt geraakt.

Chromoforen maken de kleur in chromatoforen, dat zijn de pigmenthoudende en lichtreflecterende cellen die in veel dieren voorkomen.