Toetsenborden en pedaal
Het meest voorkomende Hammondorgel heeft twee klavieren die door orgelspelers manualen worden genoemd. Het zijn kleinere versies van pianoklavieren die op elkaar gestapeld zijn. Hierdoor kan de organist beide klavieren tegelijk bespelen. De toetsen op de manualen van een Hammondorgel zijn lichter en gemakkelijker in te drukken dan de toetsen op een piano. Dit maakt het voor organisten gemakkelijker om sneller noten te spelen.
Het pedaal op een Hammond orgel lijkt op een heel groot pianoklavier. Het wordt bespeeld met je voeten en maakt zeer laag klinkende tonen, bekend als basnoten.
Beide manualen en het pedaal kunnen tegelijkertijd worden bespeeld, waardoor het gemakkelijk wordt om complexe klanken met het orgel te maken.
Dissels
De geluiden die de manualen en het pedaal maken worden bediend met schakelaars, drawbars genaamd. Je kunt ze uittrekken om het geluid harder te maken, of ze induwen om het geluid zachter te maken. Elk manuaal heeft negen schuifregelaars die verschillende delen van het geluid regelen. De linker drawbars regelen de lagere klanken, de rechter drawbars regelen de hogere klanken. Het pedaal heeft twee schuifregelaars, en beide regelen de lage klanken.
Percussie
Hammond orgels hebben een functie die "percussie" heet, waarmee je melodische clicks kunt toevoegen aan de muziek die je speelt. Het wordt bediend met schakelaars aan de linker bovenkant van het orgel. Percussie voegt harmonischen toe aan de melodieën die je speelt.
Vibrato en Chorus
Om het geluid van het orgel verder te veranderen, is er een knop die vibrato of chorus aan de muziek toevoegt, afhankelijk van hoe hij wordt gedraaid. Vibrato is een zeer kleine verandering in toonhoogte die de noten doet klinken alsof ze "wiebelig" zijn. Chorus voegt extra noten toe aan de noten die je speelt om het geluid "voller" te maken.