In oktober 2013, een maand voor de release, bereikte "Happy" de nummer één-positie in de Nederlandse Top 40 chart, deels als gevolg van airplay van radiozender 3FM en online downloads, alsmede het figureren in een Transavia-commercial.
"Happy" bereikte de top van de US Billboard Hot 100 voor de week die eindigde op 1 maart 2014. Dit werd het vierde nummer met Pharrell Williams dat bovenaan deze hitlijst staat, maar het is het eerste nummer met Williams als leadzanger. In maart 2014 waren er meer dan 3 miljoen exemplaren van het nummer verkocht in de Verenigde Staten.
In het Verenigd Koninkrijk debuteerde "Happy" op 1 december 2013 buiten de Top 70 van de UK Singles Chart en bereikte uiteindelijk de nummer 1-positie op 29 december. Het was het derde nummer met Pharrell Williams dat in 2013 op nummer één kwam, waardoor Williams de eerste artiest was die drie nummer één singles had in het Verenigd Koninkrijk sinds 2009.
In Australië bereikte "Happy" op 6 januari 2014 de nummer één positie in de ARIA Singles Chart en bracht 12 niet-opeenvolgende weken op die positie door.
In Nieuw-Zeeland bereikte "Happy" op 6 januari 2014 de nummer 1-positie in de NZ Top 40 Singles Chart en stond 15 weken achtereen op die positie. Op 28 april 2014, de 15e week op de nummer 1-positie, werd het de song met de meeste weken op de nummer 1-positie in de geschiedenis van de chart.
Andere landen waar "Happy" de nummer 1-positie heeft bereikt in een nationale hitlijst zijn Oostenrijk, België, Bulgarije, Canada, Kroatië, Tsjechië, Denemarken, Frankrijk, Duitsland, Hongarije, Ierland, Italië, Libanon, Luxemburg, Mexico, Nederland, Noorwegen, Portugal, Spanje, Zwitserland en Venezuela.