De handleidingen
Een heel klein orgel heeft misschien maar één klavier. De meeste orgels hebben er minstens twee. Bij Engelse en Amerikaanse orgels is het onderste klavier het belangrijkste en wordt het Great genoemd. Het bovenste klavier wordt het Zwelwerk genoemd, omdat het pijpen bedient die zich in een "zwelkast" bevinden, met luiken die open of dicht kunnen. Hierdoor wordt de muziek luider of stiller (crescendo of diminuendo). De organist bedient de zwelkast met een pedaal dat draait (heen en weer schommelt). Het bevindt zich in het midden, net boven het pedaal. Op oude Engelse orgels wordt de zwelkast bediend met een hendel aan de zijkant. Deze is moeilijk te bedienen. De meeste zijn nu vervangen door centrale zwelkasten.
Als er een derde manuaal is, wordt dat in Engelstalige landen het Choir genoemd. Oorspronkelijk noemden de Engelsen ze "chair organs" omdat ze een apart instrument waren. De organist moest zich omdraaien en naar de andere kant kijken om het te bespelen. Men denkt dat het woord "chair" geleidelijk is veranderd in "choir" omdat het vaak werd gebruikt om het koor te begeleiden. In Duitse orgels werd het derde manuaal het "Positiv" genoemd. De naam "Rückpositiv" ("rugpositief") werd gebruikt omdat de pijpen zich achter de rug van de organist bevonden als hij/zij voor het hoofdorgel zat. Deze begonnen weer populair te worden bij orgelbouwers in de jaren 1950 toen men vond dat het romantische orgel niet geschikt was voor oude muziek, en sommige orgelbouwers begonnen weer barokke principes te gebruiken, zodat de muziek van componisten als Bach kon klinken zoals vroeger. Het Koorklavier staat het dichtst bij de speler, het Grootklavier in het midden en het Zwelwerk het verst weg. Het Koor of Positiv bevat vaak zachte registers die geschikt zijn voor het begeleiden van het koor. Op Franse orgels vanaf het einde van de 19e eeuw zijn de drie klavieren anders ingedeeld: het Groot ("Grande Orgue") staat het dichtst bij de speler, het "Positif" is het middelste klavier en is als het ware een kleinere versie van het Groot, en het Zwelwerk ("Recit") is het bovenste klavier. Dit maakt het voor de organist gemakkelijk om de muziek op te bouwen en geleidelijk luider te maken, door bovenaan te beginnen en geleidelijk naar beneden te gaan.
Het vierde manuaal wordt het Solo genoemd, omdat de registers op dit manuaal worden gebruikt om de melodie als solo uit te spelen. Dit klavier staat nog verder van de speler af dan het Zwelwerk. Grote kathedraalorgels hebben meestal vier klavieren. Het Solo heeft waarschijnlijk een zeer luid register dat de "Tuba" of "Tuba Mirabilis" wordt genoemd.
Als er een vijfde manuaal is, kan het de Echo worden genoemd omdat het zeer stille registers heeft die echoën. Een andere mogelijkheid, vooral op Amerikaanse orgels, is een Bombarde. De Bombarde bevat meestal luide, krachtige tongwerken, waaronder registers die 'Bombarde' worden genoemd. Op dit manuaal kan bijvoorbeeld een Staatstrompet of Pontificale Trompet worden geplaatst, die boven alle andere registers uit te horen is. De Bombarde is ontleend aan Franse orgels, waar het een standaard register is op bijna alle klavieren en pedalen. Het hebben van een Bombarde-manuaal is een soort luxe voor een organist. Het is bijvoorbeeld te vinden op het orgel van Westminster Abbey.
Het is uiterst ongebruikelijk om meer dan vijf klavieren te hebben, maar in Amerika zijn er een paar zeer grote orgels. Het Wanamaker-orgel in de winkel Macy's in Philadelphia heeft zes klavieren. Het grootste orgel ter wereld staat in de Atlantic City Convention Hall. Het heeft zeven klavieren en meer dan 33.000 pijpen. Het grootste orgel ter wereld werkt echter niet, omdat het te duur zou zijn om het te laten werken.
De handleidingen gebruiken
Met twee of drie klavieren is het mogelijk om tijdens een stuk snel van klank te wisselen. De speler kan ook op twee klavieren tegelijk spelen: één met de linkerhand en één met de rechter. Dit is vooral handig om een melodie luider te maken dan de begeleiding (op een piano kan dit door harder te drukken). De klavieren kunnen ook aan elkaar gekoppeld worden, bijvoorbeeld door het register "Swell to Great" uit te trekken komen alle klanken van het Swell ook op het Great uit. Op een orgel met mechanische tractuur ziet men de toetsen van het Zwelwerk "uit zichzelf spelen" zoals bij een pianola, maar op sommige oudere orgels kan het hard werken zijn voor de vingers van de organist als de klavieren gekoppeld zijn, omdat de tractuur dan erg zwaar wordt.
De pedalen
De noten op de pedalen zijn gerangschikt zoals de noten op een keyboard, maar zijn uiteraard veel groter. De speler moet leren spelen op gevoel, anders moet hij de hele tijd naar zijn voeten kijken. Hij speelt elke noot ofwel met de teen of de hiel en ofwel aan de binnenkant van de voet ofwel aan de buitenkant. Het Amerikaanse en Britse standaardorgel bevat 30 noten, wat een bereik geeft van bijna 21 ⁄2 octaven (C tot F, of soms C tot G: 32 noten). Ze liggen niet helemaal in een rechte lijn, maar waaieren een beetje uit om het spelen te vergemakkelijken (dit wordt een "uitstralend, hol pedaal" genoemd). Bij Duitse en Franse orgels en orgels die vóór 1920 zijn gebouwd, is het pedaalklavier recht en heeft het geen uitwaaierende kromming. Veel organisten vinden dat dit het spelen bemoeilijkt. Organisten hebben een goed paar schoenen nodig: schoenen met goede smalle hakken en bij voorkeur spitse tenen. De zolen moeten redelijk glad zijn, maar niet te veel, zodat de speler zijn voet van het ene naar het andere pedaal kan schuiven. Organisten houden meestal een paar schoenen die alleen voor het orgelspelen worden gedragen, zodat de zolen geen gruis of vuil van de straat bevatten.
De haltes
De registers op een orgelklavier geven verschillende geluiden, zoals de instrumenten van een orkest, en hebben namen die de organist vertellen wat voor geluid ze produceren. De registers bevinden zich meestal links en rechts van de organist en worden uitgetrokken ("drawstops" of "pulls" omdat ze worden "getrokken", d.w.z. getrokken). Sommige orgels hebben "tab registers" of "rocker registers" die zich voor de speler bevinden en naar voren en naar achteren geschommeld kunnen worden voor aan/uit.
De registers van een orgel kunnen worden onderverdeeld in families.
De chorusregisters zijn de basisregisters, de basisregisters die goed zijn voor de opbouw van de grote, stevige klank. Een diapason of principal is een chorus register.
De fluitregisters klinken als fluiten in een orkest. Ze zijn zachter dan de diapasons en klinken goed voor zeer snelle en lichte muziek.
De tongwerken zijn registers zoals bij de hobo, klarinet, trompet, fagotto, trombone. In elke pijp zit een riet. Hun geluid is zeer sterk en nasaal (zoals spreken door de neus).
De strijkers zijn rustige registers die klinken als snaarinstrumenten. Dit zijn registers zoals de violone en gamba.
Er is nog een andere manier om de haltes te groeperen. Elk register heeft een nummer onder de naam. Het nummer kan 16, 8, 4, 2, 1 of zelfs 2 2/3 of 1 3/5 zijn. Als het nummer 8 is, wordt dit een "achtvoetig register" genoemd. Dit is de normale toonhoogte: de noot zal klinken zoals hij geschreven staat, bijvoorbeeld bij het spelen van Midden-C zal de klank Midden-C zijn. Een 4-voet register zal een octaaf hoger klinken dan geschreven, een 2-voet register zal twee octaven hoger klinken. Een 16-voet register klinkt een octaaf lager dan een 8-voet register. 8-voet is dus de normale toonhoogte, en de andere worden erbij opgeteld om een groter, helderder geluid te maken. 16-voets registers zijn normaal in pedaalpartijen.
Mutatie registers zijn registers waarin een noot niet een heel aantal octaven boven de normale toonhoogte klinkt. Voorbeelden zijn de Tierce 1 3/5 (die 2 octaven en een terts hoger klinkt) en de Nazard of Twaalfde 2 2/3 (een octaaf en een kwint).
De registers gebruiken
Een organist moet leren welke combinaties van registers samen goed klinken en hoe hij ze goed kan balanceren. Elk orgel is anders en heeft zijn eigen karakter.
De combinatie van registers die een organist kiest voor een bepaald muziekstuk wordt de "registratie" genoemd. De lijst met alle registers van een bepaald orgel wordt de "specificatie" genoemd. De specificatie van een orgel toont de namen van de registers voor elk van de klavieren en voor het pedaal, evenals de lijst van koppelingen.
Orgels hebben ook knoppen, "pistons" genaamd, waarmee de registratie midden in een stuk kan worden veranderd. Er zijn "teenpistons" die door de voeten worden bediend, en "duimpistons" die net onder elk klavier zijn geplaatst zodat ze door de duim kunnen worden ingedrukt terwijl de vingers blijven spelen. Grote orgels hebben vaak "algemene zuigers" die een willekeurige combinatie van registers in het hele orgel veranderen. Deze zijn vaak geautomatiseerd, zodat de spelers ze anders kunnen instellen, afhankelijk van de muziek die ze gaan spelen. Als meerdere spelers het instrument regelmatig gebruiken, kunnen zij elk hun eigen persoonlijke instellingen voor de pistons hebben, die zij kunnen vergrendelen zodat niemand anders ze kan veranderen.
De leidingen
Elk register bestuurt een rij pijpen, een "rank" genoemd. Elke rang maakt een ander geluid (een rij voor de "diapason"-klank, een andere rij voor de "fluit", een andere voor de "trompet" enz.) De registers regelen de luchtstroom door de rangen. Sommige registers regelen meer dan één rang. Een Mixtuur register van drie rijen heeft bijvoorbeeld 182 pijpen (3 rijen van elk 61 pijpen) en in sommige orgels is de Celeste een register van 2 rijen. De Celeste-pijpen zijn iets scherper gestemd dan de rest van het orgel, zodat bij samenspel met een ander rustig register, zoals de Salicional, een aangenaam bonkend geluid ontstaat omdat twee pijpen iets uit de toon vallen. Orgelpijpen zijn gewoonlijk gemaakt van metaal of hout. Hoogwaardige metalen orgelpijpen bevatten gewoonlijk 75 procent tin of meer, en de rest is lood. De pijpen worden op windladen geplaatst in een "orgelkast" in een speciale ruimte die Orgelkamer wordt genoemd. Een windlade is een doosachtig apparaat dat pallets bevat die worden geopend en gesloten om lucht toe te laten aan een pijp zodat deze klinkt. De pallets worden bediend door trekdraden en rollen in het geval van een trackerinstrument, maar kunnen ook worden bediend door pneumatiek of directe elektrische actie met behulp van magneten.
Als het orgel wordt ingeschakeld, wordt er altijd lucht in de windlade gepompt. In de tijd vóór elektriciteit moest iemand (een orgelblazer) de lucht in de windlade pompen met behulp van blaasbalgen. Dit was zwaar werk. Grote orgels hadden meer dan één orgelblazer nodig om dit werk te doen.