Er staat al meer dan 1300 jaar een kerk op deze plaats sinds Etheldreda, koningin van Northumbria, rond 674 landerijen schonk. De benedictijnenabdij werd bijna volledig gebouwd met stenen van nabijgelegen Romeinse ruïnes. De Saksische crypte is bewaard gebleven, evenals een frithkruk, een 7e- 8e-eeuwse 'cathedra' of troon.
In het jaar 875 verwoestte Halfdene de Deen heel Tyneside en de kerk van Hexham werd geplunderd en tot de grond toe afgebrand.
Rond 1050 kreeg ene Eilaf de leiding over Hexham, hoewel hij daar als thesaurier van Durham waarschijnlijk nooit is geweest. Eilaf kreeg de opdracht de kerk van Hexham, die toen in verval was geraakt, te herbouwen. Zijn zoon Eilaf II voltooide het werk waarschijnlijk in Normandische stijl.
In de tijd van de Noormannen werd de oude abdij vervangen door een Augustijner priorij. De huidige kerk stamt uit die periode (ca. 1170-1250), in de vroeg-Engelse (gotische) bouwstijl. Het koor, de noordelijke en zuidelijke transepten en de kloostergangen dateren uit deze periode.
Het oostelijke einde werd herbouwd in 1860, en de rest van de abdij werd grotendeels herbouwd rond 1900. Dit mammoetproject omvatte de herbouw van het schip, waarvan de muren enkele delen van de vroegere kerk bevatten. Het schip werd in 1908 heringewijd. In 1996 werd een extra kapel gebouwd aan de oostkant van de noordelijke koorbeuk. Deze kapel, die de naam St. Wilfrid's Chapel kreeg, biedt een plaats voor gebed of stille bezinning.