Moleculair klonen is een soort werk in de moleculaire biologie. Het wordt gebruikt om recombinant-DNA-moleculen te assembleren en hun replicatie binnen gastheerorganismen te sturen. Het gebruik van het woord klonen betekent dat een DNA-molecuul uit een enkele levende cel wordt gebruikt om een grote populatie cellen te maken die identieke DNA-moleculen bevatten. Moleculaire kloneringsmethoden staan centraal in vele gebieden van de moderne biologie en geneeskunde.

Bij moleculair klonen wordt over het algemeen gebruik gemaakt van DNA-sequenties van twee verschillende organismen: de soort die de bron is van het te klonen DNA en de soort die als levende gastheer zal dienen voor de vermenigvuldiging (replicatie) van het recombinant-DNA.

In een moleculair kloneringsexperiment wordt het te klonen DNA uit een interessant organisme gehaald en vervolgens behandeld met enzymen in de reageerbuis om kleinere DNA-fragmenten te krijgen. Deze fragmenten worden vervolgens samengevoegd met vectordNA om recombinant-DNA-moleculen te produceren. Het recombinant-DNA wordt dan ingebracht in een gastheerorganisme (meestal een gemakkelijk te kweken, goedaardige laboratoriumstam van de E. coli-bacterie). Dit produceert een populatie van organismen waarin recombinant-DNA-moleculen samen met het gastheer-DNA worden gerepliceerd. Omdat ze vreemde DNA-fragmenten bevatten, zijn dit "transgene" of genetisch gemodificeerde micro-organismen (GGO's).

Dit proces maakt gebruik van het feit dat één enkele bacteriële cel kan worden geïnduceerd om één enkele recombinant-DNA-molecule op te nemen en te repliceren. Deze enkele cel kan dan exponentieel worden geëxpandeerd om een grote hoeveelheid bacteriën te genereren, die elk een kopie van de originele recombinante molecule bevatten. Zo worden zowel de resulterende bacteriële populatie als de recombinant-DNA-molecule gewoonlijk "klonen" genoemd. Strikt genomen verwijst recombinant-DNA naar DNA-moleculen, terwijl moleculair klonen verwijst naar de experimentele methoden die worden gebruikt om ze te assembleren.