Guede werd in oktober 2008 in Italië voor het gerecht gebracht. Hij werd schuldig bevonden en voor 30 jaar naar de gevangenis gestuurd.
Knox en Sollecito werden ook op proef gesteld. Sollecito werd voor 25 jaar naar de gevangenis gestuurd, en Knox voor 26 jaar. Beiden gingen in beroep tegen hun veroordeling.
De aanklagers zeiden dat Guede, Knox en Sollecito samen Kercher hebben vermoord. De advocaten van Knox en Sollecito zeiden dat Guede haar alleen heeft vermoord, en zich uren later heeft uitgekleed en het lichaam heeft verplaatst. In juni-november 2009 presenteerden hun advocaten bewijs en getuigen om een "eenzame wolf" theorie te ondersteunen, dat Guede Kercher vermoordde en zich later uitkleedde en haar lichaam verplaatste van het raam van haar slaapkamer in het huis waar ze met Knox woonde.
Guede had beweerd dat hij was uitgenodigd in haar huis, als een datum gepland met Kercher op Halloween. Terwijl hij in haar huis was, beweerde hij dat hij ziek was geworden, en terwijl hij in de badkamer was, hoorde hij een luide schreeuw. In zijn verhaal beweerde Guede dat hij een bruinharige Italiaanse man zag die een mes vasthield, over Kercher op de vloer van haar kamer. Hij beweerde toen dat de man tegen hem vocht en rende het huis uit met de woorden "Trovato negro, trovato colpevole" ("zwart gevonden, schuldig bevonden"), in perfect Italiaans. Guede zei dat hij Kercher probeerde te helpen, omdat ze snel bloedde, maar hij werd bang en rende het huis uit, zonder de politie of iemand te bellen voor hulp. Guede had ambtenaren verteld dat Kercher volledig gekleed was toen ze werd neergestoken, en hij liet haar achter met het beddeken en kussen op haar bed. Getuigen en CSI-deskundigen, van de Forensische Politie in Rome, leverden echter bewijs dat het verhaal van Guede over die nacht tegensprak:
· Guede beweerde dat Kercher hem op Halloween ontmoette, maar haar vrienden getuigden dat ze met haar waren gaan feesten, en geen van hen zag haar praten met Guede.
· Guede beweerde dat Kercher volledig gekleed was toen ze werd neergestoken, maar bloedvlekken op haar huid gaven aan dat haar T-shirt boven haar beha werd getrokken toen ze werd neergestoken.
· Guede beweerde dat het witte kussen op het bed bleef liggen, maar het werd onder het lichaam gevonden, gemarkeerd met zijn linker schoenafdruk (van Nike Outbreak 2 tennisschoenen) en zijn handpalmafdruk in bloed.
· Guede beweerde dat hij niet terugkwam om zich uit te kleden en het lichaam te verplaatsen, maar de beha en het afgehakte beha-bandje hadden DNA dat overeenkwam met het genetische profiel van Guede, ook op haar lichaam en handtas.
· Guede beweerde dat hij niet het bovenraam in de derde slaapkamer brak, maar slechts 5 dagen eerder was hij in een school in Milaan gepakt met een laptop en een mobiele telefoon die was gestolen van een advocatenkantoor dat was ingebroken met een rots die door een bovenraam brak.
· Guede beweerde dat hij Kercher niet had neergestoken, maar toen hij op 27 oktober 2007 in de Milanese school werd betrapt, doorzocht de plaatselijke politie zijn rugzak en vond hij een uit de keuken van de school gestolen keukenmes.
Bij het proces tegen Guede geloofden de rechter en de jury de beweringen van Guede niet, en ze veroordeelden hem voor de moord. Hij was gepakt omdat zijn palmafdruk op het kussen overeenkwam met zijn politiedossier, inclusief het Milanese schoolincident, toen de Milanese politie hem slechts 5 dagen voor de moord had vrijgelaten. Guede werd veroordeeld tot 30 jaar gevangenisstraf, maar dat werd teruggebracht tot 16 jaar na zijn eerste proces in hoger beroep.
In een apart proces werden zowel Knox als Sollecito berecht voor de moord, maar het bewijs was veel minder dan bij Guede. Geen enkele getuige getuigde dat hij Knox of Sollecito die nacht het huis had zien of horen binnenkomen. Ook waren de kleine hoeveelheden DNA die hen met de moord in verband brachten zo gering dat het als een besmetting kon worden beschouwd, en zulke kleine hoeveelheden DNA zijn ontoelaatbaar tijdens processen in Britse of Amerikaanse strafrechtbanken. Hoewel er talrijke schoenafdrukken waren gevonden die overeenkwamen met de Nike schoen van Guede, waren er geen schoenafdrukken die overeenkwamen met een van de schoenen die de politie had meegenomen uit de huizen van Knox en Sollecito. De belangrijkste kwesties over hen waren dat ze dingen zeiden die verdacht leken:
· Knox had tijdens het politieverhoor een verklaring geschreven waarin ze zich vaag herinnerde dat ze met haar baas van het werk naar het huis ging, maar dacht dat het een valse herinnering was, gesuggereerd onder druk van de politie.
· Knox getuigde dat de politie, op de 4e dag van de vragen, haar de hele nacht wakker had gehouden, zonder eten, en haar vervolgens schreeuwde, sloeg en dreigde haar 30 jaar lang in de gevangenis te zetten, tenzij ze iemand vernoemde. De politie getuigde echter dat ze haar niet pestte, maar dat Knox begon te huilen en bekende dat ze in het huis was.
· Op de dag dat het lichaam werd ontdekt, toen de postpolitie arriveerde, zeiden Knox en Sollecito dat ze de politie hadden gebeld, maar uit de telefoongegevens blijkt dat de oproep een paar minuten later werd gedaan, niet eerder, toen ze aankwamen.
· Sollecito zei, toen hij de politie belde, dat er was ingebroken zonder dat er iets was meegenomen, ook al waren de andere huisgenoten niet teruggekomen om hun bezittingen te tellen.
· Ze beweerden allebei dat ze in zijn twee verdiepingen tellende huis hadden overnacht, maar ze konden niet bevestigen wat de ander beneden aan het doen was, of dat een van beiden was vertrokken.
· Sollecito vertelde de politie dat zijn vader hem thuis rond 23.00 uur had gebeld.
Omdat geen andere getuigen konden bevestigen dat het paar in zijn huis verbleef, werden ze beiden tijdens de moord in het huis van Knox voor de rechter gedaagd. Het bewijs tegen hen was zeer beperkt:
· Een man, Hekuran K., beweerde dat hij die nacht alle drie in een regenachtige straat bij het huis had gezien en met hen ruzie had gemaakt, maar de regen was op Halloween geweest, in plaats daarvan de avond ervoor. Op de vraag hoe hij wist hoe laat ze ruzie hadden, zei hij dat hij de klok van zijn auto had gecontroleerd, maar hij merkte op dat die kapot was. Op de vraag of hij met verslaggevers had gepraat, zei hij toen nee.
· Een andere getuige, een dakloze man, Antonio C. zei dat hij Knox en Sollecito zag praten op een stadsplein in de buurt van het huis die nacht om 11-11:30 uur, getimed van een nabijgelegen klok, maar in zijn oorspronkelijke verklaring had hij gezegd dat andere mensen in de buurt maskers droegen, zoals op Halloween, de avond ervoor.
· Uit computergegevens blijkt dat Sollecito's computer om 21.10 uur werd gebruikt en hij woonde op minstens 10 minuten van het stadsplein.
· Een vingerafdrukdeskundige beweerde dat een schoenafdruk op het bedkussen in de maat van Knox was, maar het patroon kwam niet overeen met een van haar 22 schoenen, en toen het kussen werd opgevouwen, kwam die schoenafdruk precies overeen met de schoenen van Guede's Nike.
· Een gedeeltelijke bloedvoetafdruk op de nabijgelegen badmat werd beweerd om Sollecito's voet te evenaren, maar deskundigen getuigden dat het zo vaag was dat het ook overeenkwam met de voet van Guede.
· Er zijn geen haren, kledingvezels, huid of vingerafdrukken van Knox of Sollecito gevonden in de kamer van Kercher.
· Er werden geen bebloede kleren, schoenen of messen gevonden in hun huizen of in Sollecito's auto.
· Een mes uit Sollecito's keuken, met het DNA van Knox op het handvat, zou overeenkomen met een hoeveelheid DNA van Kercher in de buurt van de punt, maar het mes was te groot om twee van de drie steekwonden te hebben gemaakt, en testte negatief op eventuele bloedresten overal.
Toen Knox in het eerste proces werd veroordeeld, werd het vonnis door sommigen als "anti-Amerikanisme" in twijfel getrokken, maar tegelijkertijd werd ook Sollecito veroordeeld.
