Eind 1999 begon Jimmy Wales na te denken over een online encyclopedie, gebouwd door vrijwilligers. In januari 2000 huurde hij Larry Sanger in om het te beheren. Het project ging online op 9 maart 2000. In november 2000 waren er slechts twee volledige artikelen gepubliceerd.
Vanaf het begin was Nupedia een encyclopedie met vrije inhoud. Bomis, het bedrijf van Jimmy Wales, zou geld krijgen van advertenties op de Nupedia website. In het begin gebruikte het project een licentie die was verzonnen door Wales en Sanger. Later begon het de Nupedia Open Content Licentie te gebruiken. In januari 2001 schakelde het over op de GNU Free Documentation License. Dit was omdat Richard Stallman en de Free Software Foundation zeiden dat ze dat moesten doen.
Eveneens in januari 2001 begon Nupedia met Wikipedia. In het begin was het niet bedoeld als een encyclopedie. In plaats daarvan was het bedoeld als een nevenproject om mensen in staat te stellen aan artikelen voor Nupedia te werken voordat ze door collega's werden beoordeeld. Toen Wikipedia groter werd en nieuwe gebruikers aantrok, begon het zonder Nupedia te draaien. Larry Sanger leidde echter als eerste de activiteit op Wikipedia. Dit kwam omdat hij de hoofdredacteur van Nupedia was.
Wikipedia leidde tot de geleidelijke sluiting van Nupedia. Jimmy Wales besloot in december 2001 om Sanger niet langer te betalen. Sanger verliet vervolgens zowel Nupedia als Wikipedia. Na het vertrek van Sanger werd Nupedia nog minder opgemerkt dan Wikipedia. Aangezien Nupedia steeds minder werd gebruikt, werd soms het idee geopperd om de artikelen te veranderen in Wikipedia-artikelen. Het werd echter nooit gedaan. Na de sluiting werden de artikelen van Nupedia verplaatst naar Wikipedia.
