SUNY wordt bestuurd door een Raad van Bestuur, die bestaat uit zestien leden, van wie er vijftien worden benoemd door de gouverneur, met instemming van de Senaat van de staat New York. Het zestiende lid is de voorzitter van de SUNY-studentenvergadering. De Board of Trustees benoemt de Kanselier die fungeert als SUNY Chief Executive Officer. De SUNY Kanselier is Nancy L. Zimpher.
De staat New York helpt bij de financiering van het SUNY-systeem, dat samen met CUNY zorgt voor goedkoper onderwijs op universitair niveau voor de inwoners van de staat. SUNY-studenten komen ook uit landen buiten de staat en uit 171 vreemde landen. Buiten de staat en buitenlandse studenten betalen meer collegegeld dan studenten uit de staat New York. Hoewel het collegegeld voor deze niet-ingezeten studenten hoger is, wordt het gesubsidieerd door de belastingbetalers van de staat New York.
Voor het academisch jaar 2010-2011, zijn de onderwijskosten op de scholen van SUNY voor een niet-gegradueerde graad minder dan twee derde de kosten van de meeste andere staat in werking gestelde universitaire instellingen in de V.S. Het onderwijs bij de Universiteit van de Staat van New York in Buffels voor een niet-gegradueerde graad is $7.772.75 per semester of $15.545.50 per jaar voor niet-ingezetene studenten. Het collegegeld voor niet-ingezetene studenten aan de Universiteit van Maryland is $24.830,44 per jaar. Het collegegeld voor niet-ingezetenen aan de Universiteit van Oregon bedraagt $25.830,00 per jaar.
Er is een grote verscheidenheid aan hogescholen in het SUNY-systeem met enige overlap in specialismen van site tot site. SUNY verdeelt zijn campussen in vier verschillende categorieën: universitaire centra/doctorale instellingen, hogescholen, technische hogescholen en gemeenschapshogescholen. SUNY heeft ook een unieke relatie met zijn statutaire hogescholen die door de staat gefinancierde hogescholen binnen andere instellingen zoals Cornell University en Alfred University in zich verenigen. Studenten aan de statutaire colleges hebben het voordeel van door de staat gesubsidieerd onderwijs, terwijl ze alle voorzieningen van het campusleven van de gastinstellingen ontvangen.
SUNY en de City University of New York zijn totaal verschillende universitaire systemen. (Beide zijn echter openbare instellingen die financiering ontvangen van de staat New York). Ook is SUNY niet te verwarren met de University of the State of New York (USNY), die de overkoepelende overheidsorganisatie is voor de meeste onderwijsgerelateerde instellingen en veel onderwijsgerelateerd personeel (zowel publiek als privaat) in de staat New York, en die als onderdeel ook het New York State Education Department omvat.
Studentenvertegenwoordiging
In de jaren zeventig van de vorige eeuw vroegen de studenten om een stemgerechtigde vertegenwoordiging in de raden van bestuur van de SUNY-colleges. In 1971 voegde de Staatswetgever vijf stemgerechtigde studenten toe aan de Raad van Bestuur van Cornell. In 1975 voegde de wetgever een niet-stemgerechtigde studentenzetel toe aan de raden van bestuur van alle SUNY-eenheden. Twee advocaten-generaal van de staat New Yorkse adviesbrieven verminderden de parlementaire rechten van de studentleden om deel te nemen aan vergaderingen. Uit deze documenten bleek dat de studentleden in feite geen ambtenaren waren. Om deze reden zei de procureur-generaal dat de studenten voor de rechter zouden kunnen worden gebracht voor hun beslissingen. In 1977 werd door een andere wetswijziging de studentenleden van SUNY-raden en -besturen onderworpen aan de NYS Public Officers Law of NYS General Municipal Law en kregen studentenvertegenwoordigers parlementaire bevoegdheden om moties te verplaatsen of te detacheren en om punten op de agenda van de organen te plaatsen. Ten slotte heeft de wetgever in 1979 het volledige stemrecht aan de studentenleden gegeven, waardoor de studenten van alle SUNY-eenheden stemrecht hebben, met uitzondering van het NYS College of Environmental Science and Forestry. Ten slotte gaf de wetgever in 1986 ook de studentenvertegenwoordiger van dat college stemrecht.
