Fiver, een konijn met een gave om de toekomst te zien, die in Sandleford Warren woont, ziet in de toekomst zijn huis vernietigd worden door een landontwikkelaar. Hij overtuigt zijn broer Hazel om met het opperkonijn Threarah te praten over het verlaten van de Warren, maar het opperkonijn is niet van plan om te vertrekken. Hazel, Fiver en negen andere konijnen gaan dan op zoek naar een nieuw thuis (in die tijd alleen op basis van Fiver's dromen dat er ergens ver weg een goed thuis op hen wacht).
Ze reizen door bossen, velden, over rivieren, en wegen vol met hrududu's (auto's) voordat vermoeidheid hen dwingt te stoppen bij een konijnenhok geleid door een konijn genaamd Cowslip. Na veel discussie gaan de konijnen akkoord om in Cowslips konijnenren te blijven. De konijnen voelen zich echter niet op hun gemak (vooral Fiver) door de vreemde gewoontes van de andere konijnen.
Ze komen er al snel achter dat de vreemde acties die Cowslip's konijnen vertonen te wijten zijn aan het feit dat ze alleen maar gevoerd en verzorgd worden door een boer zodat hij ze, één voor één, afmaakt voor voedsel. Ze verlaten Cowslip's konijnenheuvel, hoewel Bigwig onderweg bijna sterft.
Ze blijven doorgaan tot ze aankomen op de plaats van Watership Down, een hoge heuvel die ver van de mens is en vol zit met goed voedsel en veiligheid. Na een dag of twee op het goede land dat Fiver hen beloofd had, wordt Hazel benoemd tot het onofficiële hoofdkonijn van Watership Down. Hazel realiseert zich echter dat er geen voedsters (vrouwelijke konijnen) onder hen zijn, en ze kunnen geen gezonde konijnenburcht hebben zonder voedsters.
Hazel redt later een grote meeuw genaamd Kehaar, die gewond is geraakt door een kat. Nadat hij Kehaar weer gezond heeft gemaakt, stemt Kehaar ermee in om de konijnen voorlopig te helpen in ruil voor hun vriendelijkheid jegens hem. Na door Hazel gevraagd te zijn het gebied te verkennen, vindt Kehaar een grote konijnenheuvel genaamd Efrafa ten zuiden van hun positie. Hazel heeft gehoord dat Efrafa groot en te druk is, en stuurt vier konijnen naar Efrafa om te vragen of ze een paar voedsters naar hun konijnenhok kunnen brengen.
Maar omdat Efrafa een grote konijnenheuvel is met te veel konijnen, wordt het streng gecontroleerd door een konijn genaamd Generaal Woundwort en zijn grote leger. Elk konijn wordt verteld wanneer en waar ze mogen eten, slapen en meer. Niets gebeurt zonder de toestemming van de generaal, ook het verlaten van de konijnenheuvel niet. De vier konijnen ontsnappen ternauwernood nadat ze een Efrafan Kapitein een kunstje hebben geflikt.
Op hetzelfde moment dat de vier konijnen in Efrafa zijn, leidt Hazel een kleine groep om Kehaar's rapport te onderzoeken dat er een boerderij is met een paar gekooide konijnen, inclusief wijfjes. Na een paar overvallen breken de Watership konijnen een paar gekooide konijnen uit de boerderij, maar Hazel wordt op weg naar buiten neergeschoten. Fiver heeft echter een visioen waar Hazel is, en Hazel wordt gevonden en weer gezond gemaakt.
Nu ze hoort hoe Efrafa is, besluit de verzwakte Hazel de konijnen uit Efrafa te bevrijden. Alle konijnen van Watership reizen voorzichtig naar de randen van Efrafa. Zich voordoend als een zwervend alleen konijn, infiltreert Bigwig in Efrafa als een officier van hun Owsla. In het geheim echter, helpt Bigwig konijnen te krijgen om te helpen met de uitbraak. Hij ontmoet Hyzenthlay en Thethunninnang, twee does die hem vertellen dat, als hij een werkend plan heeft, zij en een paar andere konijnen samen met hem de ontsnapping zullen proberen.
Na bijna tegen Generaal Woundwort te hebben moeten vechten, breken Bigwig en de does uit uit Efrafa met de hulp van Kehaar. Natuurlijk wordt deze uitbraak opgemerkt door de bewakers, en al snel haalt de Generaal zelf met zijn kleine leger Bigwig en de weggelopen konijnen in. Ze ontsnappen alleen omdat Kehaar Woundwort aanvalt. Woundwort blijft de konijnen achtervolgen tot bij een beek, en de konijnen ontsnappen op een kleine boot. Twee konijnen sterven op de weg naar Watership Down, maar de meeste konijnen halen het veilig.
De konijnen zijn blij de nieuwe konijnen te zien. Echter, een veldmuis waarschuwt de konijnen dat Generaal Woundwort en een klein aanvalsteam eraan komen. De generaal valt 's nachts de konijnenburcht aan terwijl de konijnen naar hun diepste holen gaan en de tunnels blokkeren in een poging de Efrafanen tegen te houden.
Terwijl hij in een hol zit, valt Fiver flauw omdat hij teveel visioenen tegelijk krijgt. Ondertussen heeft Hazel een visioen over hoe de Efrafanen te stoppen. Hazel zegt Bigwig daar te blijven en te vechten en hij neemt Blackberry en Dandelion mee uit het hol. Hazel's plan is om de hond op de nabijgelegen Nuthanger boerderij te gebruiken om de Efrafans te verslaan.
Hazel's plan werkt, maar Bigwig en Hazel raken gewond in het proces. Generaal Woundwort verdwijnt, en wordt nooit meer gezien. Kapitein Campion en de andere aanvallers gaan terug naar Efrafa, waar Campion opperhoofd Konijn wordt.
Hazel leeft een lang leven als opperkonijn van Watership Down, terwijl zijn konijn het goed doet en vredig is. Fiver herstelt en Bigwig wordt de gerespecteerde kapitein van de wacht.
