Newton werd geboren in Savannah, Georgia bij ouders Cecil en Jackie Newton. Zijn vader speelde ook professioneel football in de NFL. Hij groeide op in College Park, Georgia. Hij ging naar de Seaborn Lee Elementary School en vervolgens naar de Camp Creek Middle School. In 2003 ging hij naar de Westlake High School in Fulton County, Georgia, waar hij voetbal en basketbal speelde.
In 2007, als eerstejaars aan de Universiteit van Florida, verdiende Newton de plek boven collega eerstejaars quarterback John Brantley als back-up voor ster quarterback en uiteindelijke Heisman Trophy winnaar Tim Tebow. Hij speelde in vijf wedstrijden en gooide 40 yards met 5-of-10 passes en rende 16 keer voor 103 yards en drie touchdowns. In 2008, tijdens zijn tweede seizoen, speelde Newton in de seizoensopener tegen Hawaii. Hij liep toen een enkelblessure op en besloot een medical redshirt seizoen te nemen.
Op 21 november 2008 arresteerde de politie Newton voor het stelen van een laptop van een student aan de Universiteit van Florida. Hij werd vervolgens tijdelijk geschorst door het team nadat de laptop daadwerkelijk in zijn bezit bleek te zijn. Onderzoekers traceerden de gestolen laptop naar de atleet. Newton gooide de computer uit het raam van zijn studentenhuis in een poging hem voor de politie te verbergen. (Een vriend schepte de laptop op en verborg hem achter een vuilnisbak bij een nabijgelegen schoolgebouw). Newton werd voor onbepaalde tijd geschorst en kondigde drie dagen voor Florida's overwinning op Oklahoma zijn voornemen aan om over te stappen. Alle strafrechtelijke aanklachten tegen Newton werden ingetrokken nadat hij een door de rechtbank goedgekeurd vooronderzoeksprogramma had afgerond. Foxsports.com meldde dat Newton de Universiteit van Florida na het herfstsemester in 2008 verliet in plaats van te worden geschorst of van school gestuurd, deels vanwege drie gevallen van academisch bedrog.
In januari 2009 stapte Newton over naar Blinn College, een junior college in Brenham, Texas. In de herfst van 2009 was hij quarterback van het team. Het team won in 2009 het NJCAA National Football Championship. Newton wilde vervolgens overstappen naar een vierjarige universiteit en zijn vader zou geld hebben gezocht bij de scholen die meedongen naar Newtons komst. Newton stapte over naar Auburn University waar hij ook quarterback speelde.
Controverse over subsidiabiliteit
Newton werd een groot deel van de tweede helft van het voetbalseizoen 2010 achtervolgd door beschuldigingen dat zijn vader, Cecil Newton, een behoorlijke som geld wilde in ruil voor het spelen van zijn zoon voor een major-college team. Indien waar, zou dit in strijd zijn met de regels van de National Collegiate Athletic Association (NCAA). Begin november verklaarden functionarissen van de Mississippi State University dat Cecil Newton had gezegd dat er "meer dan alleen een beurs" nodig was om zich van de diensten van zijn zoon te verzekeren. Deze eis werd blijkbaar verspreid door Kenny Rogers, een recruiter die vroeger voor de Bulldogs speelde, aan John Bond, zijn vroegere teamgenoot bij MSU. Rogers zei later in een radio-interview in Dallas dat Cecil Newton zei dat het "ergens tussen de 100.000 en 180.000 dollar" zou kosten om zijn zoon naar MSU over te halen. Auburn hield gedurende het hele schandaal vol dat het niet betrokken was bij een pay-for-play regeling, en dat Cam Newton mocht spelen.
Op 1 december maakte de NCAA bekend dat Auburn Cam Newton onverkiesbaar had verklaard. Auburn vond bewijs dat Cecil Newton inderdaad Mississippi State om geld had gevraagd in ruil voor Cam Newtons atletische dienst. Auburn vroeg de NCAA onmiddellijk om Newton in ere te herstellen. De NCAA liet Newton snel weer toe en verklaarde hem drie dagen later geschikt voor de 2010 SEC Championship Game. De NCAA zei dat er onvoldoende bewijs was dat Cam Newton of iemand van Auburn op de hoogte was van de acties van Cecil Newton. Auburn beperkte vervolgens de toegang van Cecil Newton tot het voetbalprogramma als gevolg van de NCAA bevindingen. Mede door de toegenomen druk van de media en het NCAA-onderzoek kondigde Cecil Newton aan dat hij de Heisman Trophy Ceremony niet zou bijwonen. De NCAA rehabilitatie sprak Cecil Newton niet vrij van enig wangedrag. De NCAA actie maakte Cam Newton geschikt om de Heisman Trofee te winnen. Hij won de prijs met 2.263 punten en 729 eerste stemmen.
In oktober 2011 sloot de NCAA haar 13 maanden durende onderzoek naar de werving van Newton door Auburn University af. De NCAA hield meer dan 50 interviews en onderzocht bankgegevens, documenten van de belastingdienst, telefoongesprekken en e-mailberichten. De NCAA vond niets dat erop wees dat Auburn deelnam aan een "pay-for-play" bij het werven van Newton om een Auburn student te worden. De NCAA zou zeggen dat de aanklacht "niet voldoet aan de bewijslast, wat een hogere standaard is dan ongebreidelde publieke speculatie online en in de media". Stacey Osburn van de NCAA zou zeggen: "We hebben alles gedaan wat we konden doen. We hebben alle interviews gedaan. We hebben alles onderzocht en er is niets. Tenzij er iets nieuws aan het licht komt dat geloofwaardig is en we moeten bekijken, is het afgesloten."