Zoals alle oosterse specerijen was peper van oudsher zowel een kruid als een geneesmiddel. Lange peper, die sterker is, kreeg vaak de voorkeur als geneesmiddel, maar beide werden gebruikt.
Zwarte peperkorrels worden vermeld in de Ayurveda, Siddha en Unani geneeskunde in India. Het Syrische Medicijnenboek uit de 5e eeuw schrijft peper (of misschien lange peper) voor bij ziekten als constipatie, diarree, oorpijn, koudvuur, hartkwalen, hernia, heesheid, indigestie, insectenbeten, slapeloosheid, gewrichtspijn, leverproblemen, longziekten, abcessen in de mond, zonnebrand, tandbederf, en kiespijn. Verschillende bronnen uit de 5e eeuw en later zeggen ook dat peper goed is om oogproblemen te behandelen. Vaak moeten speciale zalven op basis van peper rechtstreeks op het oog worden aangebracht. Er is momenteel geen medisch bewijs dat deze behandelingen enig nut hebben; peper rechtstreeks op het oog aanbrengen zou zeer oncomfortabel en mogelijk schadelijk zijn.
Lange tijd geloofde men dat peper de oorzaak is van niezen; ook nu nog is dat zo. Sommige bronnen zeggen dat piperine de neusgaten irriteert, waardoor het niezen wordt veroorzaakt; anderen zeggen dat het gewoon het effect is van het fijne stof in gemalen peper, en weer anderen zeggen dat peper in feite helemaal niet zo'n niesmiddel is. Er zijn weinig of geen gecontroleerde studies uitgevoerd om deze vraag te beantwoorden.
Peper kan de darmen irriteren. Daarom wordt het geschrapt uit het dieet van patiënten met buikoperaties en maagzweren. De vervanging wordt meestal een dieet met weinig vet genoemd.
Peper bevat kleine hoeveelheden safrol, een kankerverwekkende stof.
