Ryan werd voor het eerst verkozen in het Huis in 1999, toen hij de zetel in het 1e District won van Mark Neumann, een zittende politicus met een ambtstermijn van twee jaar die zijn zetel had opgegeven om een onsuccesvolle kandidatuur voor de Senaat van de VS in te dienen. Ryan won de Republikeinse voorverkiezing van de 29-jarige pianist Michael J. Logan uit Twin Lakes.
Ryan werd in 2008 het belangrijkste Republikeinse lid van de begrotingscommissie van het Huis, en werd vervolgens voorzitter in 2012 nadat de Republikeinen de controle over het Huis hadden overgenomen. Datzelfde jaar werd hij geselecteerd om het Republikeinse antwoord te geven op de State of the Union.
Tijdens zijn 12 jaar in het Huis heeft Ryan meer dan 70 wetsvoorstellen of amendementen ingediend, waarvan er twee in wet zijn omgezet. Het ene, aangenomen in juli 2000, hernoemde een postkantoor in Ryan's district; het andere, aangenomen in december 2009, verlaagde de accijns op pijlkokers. Ryan was ook mede-indiener van 975 wetsvoorstellen, waarvan er 176 zijn aangenomen. 22 procent van deze wetsvoorstellen was oorspronkelijk ingediend door Democraten.
In 2010 was Ryan lid van de tweepartijdige nationale commissie voor fiscale verantwoordelijkheid en hervorming (commissie-Bowles-Simpson), die tot taak had een plan te ontwikkelen om het federale tekort terug te dringen. Hij stemde tegen het eindverslag van de commissie.
In 2012 beschuldigde Ryan de hoogste militaire leiders van het land van het gebruik van "rook en spiegels" om onder de door het Congres goedgekeurde begrotingslimieten te blijven. Ryan zei later dat hij zich in deze kwestie had vergist en belde generaal Martin Dempsey, de voorzitter van de Joint Chiefs of Staff, om zich te verontschuldigen voor zijn opmerkingen.
Medio 2012 had Ryan zeven buitenlandse reizen gemaakt als lid van een delegatie van het Congres.
