Beginjaren (2000-02)
In 2000 werd Iwata hoofd van Nintendo's afdeling voor bedrijfsplanning. Hij werd ook in de raad van bestuur gezet. De komende twee jaar wilde hij de ontwikkeling van spellen goedkoper en korter maken, terwijl hij ervoor wilde zorgen dat de kwaliteit nog steeds goed was. Tijdens zijn eerste twee jaar bij Nintendo zag het bedrijf de winst met 20 en 41 procent stijgen. Iwata's werk hielp daarbij. Toen Yamauchi, de president van het bedrijf sinds 1949, op 24 mei 2002 met pensioen ging, werd Iwata de vierde president van Nintendo. Hij was de eerste Nintendo-voorzitter die geen familie van Yamauchi was door bloedverwantschap of huwelijk. Yamauchi vroeg Iwata om één ding: "dat Nintendo nieuwe ideeën heeft en hardware maakt die dat ideaal laat zien. En software maken die dezelfde standaard heeft." Nintendo was een bedrijf dat individualisme nastreefde, met een beleid dat Yamauchi creëerde om nieuwe ontwikkelingsposities te creëren wanneer dat nodig was. Dit verhinderde echter een goede samenwerking tussen afdelingen.
Toen Iwata werd gepromoveerd, was Nintendo nog steeds een winstgevend bedrijf. Ze deden het echter niet zo goed als andere consolemakers. De GameCube verkocht slecht in vergelijking met de concurrentie, waarbij Sony's PlayStation 2 en Microsofts Xbox het spel oversloegen. Zijn presidentschap viel ook op het moment dat online gaming populair werd. Nintendo was nog niet begonnen met online gaming. Hij was er voorzichtig mee en zei: "We zijn niet tegen het idee om online te gaan. We zijn gewoon praktisch." Hij creëerde ook een relatie tussen Nintendo en Capcom die de GameCube hielp. Tijdens een interview in 2002 zei Iwata dat hij vond dat de game-industrie te exclusief werd. Hij wilde hardware en spellen maken die alle mensen zouden willen spelen, in plaats van zich te richten op goede graphics.
Een van de eerste dingen die hij als president deed, was rechtstreeks vergaderen met de 40 afdelingshoofden en 150 andere werknemers van het bedrijf. Dit was heel anders dan Yamauchi; Yamauchi ontmoette de werknemers niet vaak, en hij hield meestal maar één toespraak per jaar. Iwata wist dat alleen omdat hij president is, dat niet zou betekenen dat iedereen het met hem eens zou zijn. Hij besloot op een persoonlijk niveau met ze te praten. Als werknemers het niet eens waren met zijn visie, stelde Iwata voor dat ze hun idee volgden in plaats van het zijne. Hij zei: "Scheppers verbeteren zichzelf alleen als ze risico's nemen". Iwata bracht ook meer data en wetenschap in het zakelijke deel van het bedrijf. Yamauchi nam beslissingen op basis van intuïtie en ervaring, Iwata had ideeën met veel data om mensen te overtuigen. Iwata promoveerde ook Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori en Shinji Hatano tot representatieve directeuren in de raad van bestuur van het bedrijf. Hun posities hadden dezelfde macht als de zijne.
Revitalisering van de onderneming (2003-09)
In vervolg op zijn interview in 2002 zei Iwata dat er een probleem was in de spellenmarkt tijdens zijn keynote speech op de Tokyo Game Show van 2003. Tijdens deze toespraak dacht hij na over de geschiedenis van de industrie en dat er minder interesse was in videospellen. Vanaf het einde van de jaren '90 waren er minder verkopen op de Japanse markt. Dit zette zich voort in het begin van de jaren 2000. De concurrentie tussen Nintendo en Sony zorgde ervoor dat consoles meer gericht waren op krachtige hardware. De Nintendo 64 was echter te moeilijk voor ontwikkelaars om games te maken. Hierdoor was de software niet zo goed. Iwata vroeg om een analyse uit te voeren. Nintendo besloot dat focussen op hardware niet de beste manier was om videogames te promoten. Ze besloten zich te richten op software. In 2004 vond er een grote verandering plaats binnen Nintendo. Iwata voegde verschillende afdelingen samen die onder Yamauchi waren opgericht. Hij wilde dat er in het hele bedrijf zou worden samengewerkt. Later creëerde hij een "User Expansion Project" in 2005. Werknemers die normaal gesproken niets met spelontwikkeling te maken hadden, gaven ideeën voor nieuwe spellen.
In een interview in maart 2004, zei Iwata: "Games zijn op een dood spoor beland." Hij zei dat ontwikkelaars veel te veel tijd verspilden door zich te richten op core gamers; hij zei dat ze geen winst zouden maken als ze geen spellen zouden maken voor de normale spellenspeler. Hij wilde ook laten zien dat Nintendo, een "conservatief" bedrijf, een grote nieuwe maker van entertainment zou worden. Iwata creëerde een "blauwe oceaan"-strategie om Nintendo te helpen concurreren met de andere consolemakers. In plaats van met hen te concurreren over krachtige hardware, besloot Iwata om interessante en vermakelijke hardware en spellen te maken.
Financiële neergang (2010-14)
| Netto-omzet Nintendo per belastingjaar (2006-15) |
| Fiscaal jaar | | | | Omzet (miljoen ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| Netto jaaromzet van Nintendo in miljoenen yenNoot : Groen wijst op een bedrijfsresultaat, zwart op een bedrijfsverlies. |
De Nintendo 3DS en Wii U waren niet zo succesvol als de DS en de Wii. De financiën van Nintendo verslechterden vanaf 2010.