Er bestaat ook een Pokémon trading card game. Spelers gebruiken Pokémon-kaarten om tegen elkaar te strijden en verzamelen ze door pakjes te openen. Er zijn ook live toernooien die door Nintendo worden georganiseerd. De schade van Pokémon wordt geteld door 'schadetellers' of voorwerpen die op de kaarten worden geplaatst om de schade bij te houden. Nadat je alle getallen op de schadetellers hebt opgeteld, trek je dit af van de HP (gezondheidspunten) van de kaart om te weten te komen hoeveel HP er nog over is. Er worden slechts 60 kaarten gebruikt in de kaartenstapel van een speler, en zes daarvan worden opzij gelegd in een stapel die "prijskaarten" wordt genoemd. Nadat een speler een kaart van een tegenstander heeft weggespeeld, krijgt de verliezer slechts één prijskaart voor niet-EX Pokémon. Wanneer iemand daarentegen een EX-Pokémon uitmaakt, krijgt hij of zij twee prijskaarten. Er is één aflegstapel voor elke speler, waar de flauwgevallen Pokémon naartoe gaan. Enkele manieren om te winnen zijn het pakken van al je prijskaarten en/of je tegenstander al zijn of haar kaarten te laten trekken.
Er zijn kaarten die zijn ontworpen als verschillende Pokémon, die meestal "Energy"-kaarten nodig hebben om aanvallen te gebruiken. Er zijn ook "Trainer"-kaarten, die worden gebruikt voor andere dingen dan directe Pokémon-aanvallen, zoals het geven van Pokémon meer HP. De meeste fans van de serie zijn het erover eens dat een goed deck bestaat uit ongeveer twintig "Pokémon"-kaarten, twintig "Energy"-kaarten en twintig "Trainer"-kaarten.
Spelers kunnen hun Benched of Active Pokémon evolueren. De Bench is een plek waar Pokémon kunnen zitten, en deze Pokémon kunnen evolueren met hun evolutiekaart. Actieve Pokémon kunnen ook evolueren, maar kunnen ook aanvallen gebruiken. Om een Pokémon te laten evolueren, kun je gewoon zijn evolutiekaart op de Bench leggen.
Alle Pokémon-kaarten hebben een type. Het type bepaalt hoe effectief een aanval is. Een bepaalde Lightning-type Pikachu-kaart kan bijvoorbeeld een aanval gebruiken die normaal 80 schade aanricht. Als de Pikachu deze aanval gebruikt tegen een Pokémon met een Weakness van +20 tegen Lighting, voeg je 20 schade toe aan de normale schade, zodat het 100 wordt. Types kunnen ook dingen minder effectief maken.
Er is ook een speciaal soort Pokémon in het ruilkaartspel dat 'EX'-Pokémon wordt genoemd. EX- en GX-Pokémon zijn sterker dan gewone Pokémon, maar wanneer ze worden uitgeschakeld, trekt de tegenstander van de speler twee van zijn prijskaarten (bij gewone Pokémon is dat er maar één). Ook is er een ander speciaal soort Pokémon in het ruilkaartspel, genaamd 'Delta Species'-Pokémon, die een ander type hebben dan de gewone kaarten, zoals een Electric-type Charmander, die gewoonlijk van het type Fire is. In de Diamond & Pearl-uitbreiding van het ruilkaartspel werden LV.X-kaarten geïntroduceerd. Deze kaarten lijken een beetje op evolutiekaarten, maar ze kunnen alleen worden gebruikt voor Active Pokémon. In de uitbreiding "HeartGold & SoulSilver" bracht The Pokémon Company nieuwe kaarten uit, LEGEND-kaarten genaamd. LEGEND-kaarten zijn twee afzonderlijk verkochte kaarten die samen één plaatje vormen. Ze kunnen alleen worden gebruikt wanneer de twee kaarten waaruit ze zijn samengesteld, worden samengevoegd; ze kunnen niet afzonderlijk worden gebruikt.