Polyphyly is een term in de cladistiek. Het beschrijft een groep organismen waarvan de laatste gemeenschappelijke voorouder geen lid is van de groep. Een andere manier om dit uit te drukken is om te zeggen dat polyfylie groepen omvat waarvan sommige leden afstammen van voorouderpopulaties.
De schema's laten zien dat vogels en zoogdieren inderdaad verwant zijn, maar alleen op het niveau van de vroege amnioten. In termen van evolutie is er een enorme kloof tussen hen.
Meer gebruikelijk in de traditionele taxonomie is om alle nakomelingen (bijvoorbeeld levende zoogdieren) te omvatten zonder de groep waaruit ze zijn geëvolueerd (wat een beetje clade zou zijn in de therapsida). Dit wordt gedaan voor het gemak, maar het maakt de zoogdieren polyfylactisch.
De biologische classificatie heeft tot doel de soorten zodanig te groeperen dat elke groep afstamt van één gemeenschappelijke voorouder. Een polyfyletische groep kan worden "gefixeerd" door clades uit te sluiten of door de gemeenschappelijke voorouder toe te voegen.
Volgens de cladistiek zou het doel van de classificatie moeten zijn om ervoor te zorgen dat alle groepen monofyletisch zijn. Andere taxonomen stellen echter dat er een geldige plaats is voor groepen die parafyletisch zijn, of die hun meest recente gemeenschappelijke voorouder bevatten, maar niet alle nakomelingen van die voorouder.
