Charles Darwin (1809-1882) was de eerste die een evolutionaire levensboom opstelde. Hij was zeer voorzichtig over de mogelijkheid om de geschiedenis van het leven te reconstrueren. In On the Origin of Species (1859) presenteerde hij in hoofdstuk IV een abstract diagram van een theoretische levensboom voor soorten van een niet nader genoemd groot geslacht (zie figuur).
In Darwins eigen woorden: "Zo zullen de kleine verschillen die rassen van dezelfde soort onderscheiden, gestaag toenemen tot ze gelijk zijn aan de grotere verschillen tussen soorten van hetzelfde geslacht, of zelfs van verschillende geslachten."
Dit is een vertakkingspatroon zonder namen voor soorten, in tegenstelling tot de meer lineaire boom die Ernst Haeckel jaren later maakte.
In zijn samenvatting bij het hoofdstuk zoals herzien in de 6e editie van 1872, legt Darwin zijn opvattingen over de levensboom uit:
De verwantschap van alle wezens van dezelfde klasse wordt soms voorgesteld door een grote boom. Ik geloof dat deze vergelijking grotendeels de waarheid spreekt. De groene en ontluikende twijgen kunnen bestaande soorten voorstellen, en die welke in vroegere jaren zijn geproduceerd, kunnen de lange opeenvolging van uitgestorven soorten voorstellen ...
De takken die verdeeld zijn in grote takken, en deze in kleinere en kleinere takken, waren zelf ooit, toen de boom jong was, ontluikende twijgen; en deze verbinding van de vroegere en huidige knoppen door vertakkende takken kan heel goed de indeling van alle uitgestorven en levende soorten in groepen ondergeschikt aan groepen voorstellen.
Van de vele twijgen die bloeiden toen de boom nog maar een struik was, overleven slechts twee of drie, nu uitgegroeid tot grote takken, nog en dragen de andere takken; zo hebben bij de soorten die leefden tijdens lang vervlogen geologische perioden, zeer weinig levende en gewijzigde afstammelingen achtergelaten. Vanaf de eerste groei van de boom zijn vele ledematen en takken vergaan en afgevallen; en deze afgevallen takken van verschillende grootte kunnen die hele ordes, families en geslachten voorstellen die nu geen levende vertegenwoordigers hebben, en die ons alleen in fossiele staat bekend zijn.
Zoals wij hier en daar een dunne achterblijvende tak zien die ontspringt uit een vork laag in een boom, en die door een of ander toeval is bevoordeeld en nog leeft op zijn top, zo zien wij af en toe een dier als de Ornithorhynchus (vogelbekdier) of Lepidosiren (Zuid-Amerikaanse longvis), dat in zekere mate door zijn verwantschap twee grote levenstakken met elkaar verbindt, en dat kennelijk is gered van fatale concurrentie doordat het een beschermd station heeft bewoond.
Zoals knoppen door groei aanleiding geven tot nieuwe knoppen, en deze, als ze krachtig zijn, zich vertakken en vele zwakkere takken aan alle kanten overtreffen, zo is het volgens mij door generatie op generatie gegaan met de grote Levensboom, die met zijn dode en gebroken takken de aardkorst vult, en het oppervlak bedekt met zijn altijd vertakkende en prachtige vertakkingen.
