Rahonavis was een vijfde groter dan de nauw verwante Archaeopteryx, ongeveer zo groot als een moderne raaf.
Hoewel talrijke reconstructies van Rahonavis door kunstenaars hem vliegend tonen, is het niet duidelijk dat hij kon vliegen. Er wordt zelfs aan getwijfeld of het materiaal van de voorarm, waaronder de staartpennen, wel bij de rest van het skelet hoort. Sommige onderzoekers hebben gesuggereerd dat Rahonavis een chimaera voorstelt, met de voorpoot van een vogel vermengd met het skelet van een dromaeosauriër.
De nabije ontdekking van de primitieve vogel Vorona berivotrensis toont aan dat de mogelijkheid van een verwisseling niet volledig kan worden uitgesloten. Veel andere wetenschappers, waaronder de oorspronkelijke beschrijvers van Rahonavis, denken echter dat de overblijfselen behoren tot één enkel dier. De vleugelbotten liggen dicht bij de rest van het skelet. Alle aan Rahonavis toegeschreven botten werden begraven in een gebied "kleiner dan een pagina ter grootte van een brief", aldus mede-beschrijver Luis M. Chiappe in zijn boek Glorified Dinosaurs uit 2007. Chiappe hield vol dat Rahonavis waarschijnlijk kon vliegen, waarbij hij opmerkte dat zijn ellepijp groot en robuust was in vergelijking met Archaeopteryx, en dat dit feit, in combinatie met de prominente staartknoppen, suggereert dat Rahonavis grotere en krachtigere vleugels had dan die eerdere vogel. Bovendien vertonen de schouderbeenderen van Rahonavis sporen van aanhechtingen van ligamenten die de onafhankelijke mobiliteit mogelijk maken die nodig is voor de slagvlucht. Chiappe concludeerde dat Rahonavis tot vliegen in staat was, hoewel hij "onhandiger in de lucht was dan moderne vogels".