Pulau Run is een eiland in Indonesië. Het is een van de kleinste eilanden van de Banda-eilanden. Het is ongeveer 3 km lang en minder dan 1 km breed.
Vroeger was het van groot belang, vanwege de waarde van de specerijen nootmuskaat en foelie. Beide kruiden zijn van dezelfde boom. De bomen werden alleen op de Banda-eilanden gekweekt. Tijdens de geschiedenis van de specerijenhandel bereikten de zeelieden van de Britse Oost-Indische Compagnie van de tweede expeditie van James Lancaster, John Davis en John Middleton, die in Bantam op Java verbleven, het eiland voor het eerst in 1603. Zij maakten goede contacten met de mensen die er woonden.
Er zijn twee oorlogen gevoerd om de extreem kostbare specerijen.
De Vrede van Westminster maakte een einde aan de Eerste Engels-Nederlandse Oorlog van 1652-1654. Volgens het verdrag had de Run terug moeten keren naar Engeland. De eerste poging in 1660 mislukte door formele beperkingen van de Nederlanders; na de tweede in 1665 werden de Engelse handelaren in datzelfde jaar verdreven en vernietigden de Nederlanders de nootmuskaatbomen.
Na de tweede Engels-Nederlandse oorlog van 1665-1667 stemden Engeland en de Verenigde Nederlanden in het Verdrag van Breda in met de status quo: De Engelsen hielden het eiland Manhattan, dat een vloot van de hertog van York (de toekomstige Charles II), in 1664 illegaal had bezet en hernoemde van New Amsterdam naar New York. De vlucht werd officieel aan de Nederlanders gegeven.
Het Nederlandse monopolie op nootmuskaat en foelie werd vernietigd door de overbrenging van de nootmuskaatbomen naar Ceylon, Singapore en andere Britse koloniën in 1817 na de verovering van het belangrijkste eiland Bandalontor in 1810 door kapitein Cole. Dit leidde tot het verval van de Nederlandse overheersing in de specerijenhandel, maar er groeien nog steeds nootmuskaatbomen op Run.
