Shinya Yamanaka (geboren op 4 september 1962 in Osaka) is een Japanse arts. Hij ontving de Nobelprijs voor fysiologie of geneeskunde voor 2012 samen met John Gurdon. Hij won de Wolf Prize in Medicine in 2011 samen met Rudolf Jaenisch; en de Millennium Technology Prize in 2012 samen met Linus Torvalds.

Hij doet onderzoek naar volwassen stamcellen. Hij is directeur van het Center for iPS Cell Research and Application en hoogleraar aan het Institute for Frontier Medical Sciences van de Universiteit van Kyoto. Hij is tevens senior onderzoeker aan het aan de UCSF gelieerde J. David Gladstone Institutes in San Francisco, Californië; en hoogleraar anatomie aan de University of California, San Francisco (UCSF). Yamanaka is tevens de huidige voorzitter van de International Society for Stem Cell Research (ISSCR).