De regio Bourgogne-Franche-Comté is de zesde grootste regio van Frankrijk met een oppervlakte van 47.783,3 km2 (18.449 sq mi). De regio ligt in het noordoosten van Frankrijk en grenst in het noorden aan de regio Grand Est, in het westen aan de regio's Île-de-France en Centre-Val de Loire, in het zuiden aan de regio Auvergne-Rhône-Alpes, en in het oosten aan Zwitserland (de kantons Vaud, Neuchâtel en Jura).
De afstanden tussen Besançon, de hoofdstad van de regio, en andere steden zijn:
- Parijs, de nationale hoofdstad, 410 km (255 mi);
- Bordeaux, 729 km;
- Toulouse, 762 km;
- Marseille, 538 km (334 mi);
- Lyon, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km;
- Nice, 694 km.
Rivers
De belangrijkste rivieren in de regio zijn de Saône en haar zijrivier de Doubs. De Loire stroomt door het zuidwesten van de regio, bij Nevers. De Seine ontspringt in het departement Côte-d'Or.
Bergen
Er zijn drie belangrijke bergketens in de regio:
- De Vogezen liggen in het noordoosten van de regio en het hoogste punt in Bourgogne-Franche-Comté is Ballon de Servance, 1.216 m (3.990 ft) hoog.
- Langs de oostelijke grenzen ligt het Juragebergte; hier ligt Crêt Pela, het hoogste punt van Bourgogne-Franche-Comté met 1.495 m (4.905 ft).
- Het Morvan gebergte ligt in het centrum van het westelijke deel; het hoogste punt is Haut-Folin, 901 m (2.956 ft) hoog.
De Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)) is met zijn 1.495 m de hoogste berg van de regio Bourgogne-Franche-Comté. Hij ligt in het Juragebergte.
De hoogste punten van de verschillende departementen in de regio Bourgogne-Franche-Comté zijn: