De Yonne maakt deel uit van de regio Bourgogne-Franche-Comté. Het heeft een oppervlakte van 7.427,4 km2 . Het hoogste punt van het departement is Bois de la Pérouse (47°18′57″N 4°1′8″E / 47.31583°N 4.01889°E / 47.31583; 4.01889 (Bois de la Pérouse)), 607 m hoog.
Het departement grenst aan vijf departementen in vier regio's:
Het noordelijke deel van het departement wordt gevormd door vlakten die deel uitmaken van de grote vlakte van Parijs. De bergen van de Morvan en de heuvels van de Auxerrois (de streek rond de stad Auxerre) liggen in de zuidelijke helft van het departement.
De belangrijkste rivier in het departement is de Yonne, een zijrivier van de Seine die van zuid naar noord door het departement stroomt. Andere rivieren die door het departement stromen zijn de Armançon, de Loing, de Ouanne en de Serein.
Klimaat
Het type klimaatclassificatie van Köppen voor het klimaat van Auxerre is een "Oceanisch klimaat" (ook bekend als Maritiem Gematigd klimaat) en van het subtype "Cfb".
De gemiddelde jaartemperatuur in Auxerre is 11,5 °C. De warmste maand is gemiddeld juli met een gemiddelde temperatuur van 20,2 °C. De koelste maand is gemiddeld januari, met een gemiddelde temperatuur van 3,6 °C.
De gemiddelde jaarlijkse hoeveelheid neerslag in Auxerre is 957,6 mm. De maand met gemiddeld de meeste neerslag is december met 106,7 mm neerslag. De maand met de minste neerslag is april met gemiddeld 63,5 mm.