Tussen Rouen en de zee kunnen zeeschepen met een lengte tot 280 meter (920 ft) en een gewicht tot 150.000 ton de Seine bevaren. Dit deel van de rivier heeft een lengte van ongeveer 120 kilometer (75 mi). Schepen met een diepgang tot 10 meter (33 ft) kunnen er rondvaren. Diepgang is de hoogte van het gedeelte van een schip dat zich onder de waterlijn bevindt. Er zijn drie bruggen in deze sectie. Ze kunnen worden verhoogd. De maximale diepgang (of hoogte boven de waterlijn) van een schip is 50 meter (160 ft). Omdat er weinig brigades zijn, kan de rivier worden overgestoken per veerboot, op verschillende plaatsen. De haven van Rouen is een belangrijke zeehaven in Frankrijk; het is de belangrijkste haven in Europa voor granen, en de belangrijkste haven in Frankrijk voor meel en meststoffen. Ook al is de haven van Le Havre belangrijker voor aardolie, die van Rouen is nog steeds belangrijk. Jaarlijks wordt in de haven van Rouen ongeveer 25 miljoen ton producten behandeld.
De loop van de rivier werd in de 19e eeuw gecorrigeerd tussen Rouen en Parijs. Er zijn zeven sluizen. Binnenvaartschepen met een laadvermogen tot 350 ton kunnen er doorheen varen. De afmetingen van de sluis bepalen de maximale afmetingen van het schip. Toen de meeste kanalen in Frankrijk werden aangelegd, bepaalde de minister van Openbare Werken, Charles de Freycinet, de maximale lengte van de sluizen. Het resultaat was dat de maximale afmetingen van het schip 38,5 meter (126 ft) bij 5,05 meter (16,6 ft) bedroegen, met een diepgang van 2,5 meter (8 ft 2 in). In het geval van de Franse kanalen is de maximale diepgang 1,8 meter (5 ft 11 in). De lading van een péniche is ongeveer die van tien vrachtwagens of acht treinwagons. Andere scheepstypen die kunnen circuleren hebben een capaciteit van 800 ton (790 lange ton; 880 korte ton) tot 1.350 ton (1.330 lange ton; 1.490 korte ton). Binnenvaartschepen hebben een lengte tussen 40 meter (130 voet) en 70 meter (230 voet) en kunnen tussen 3.000 ton (3.000 lange ton; 3.300 korte ton) en 10.000 ton (9.800 lange ton; 11.000 korte ton) vracht vervoeren. Andere schepen zijn onder meer rivierschepen die tot 4.000 ton (3.900 lange ton; 4.400 korte ton) vracht kunnen vervoeren.
De haven van Parijs is de belangrijkste fluviatiele haven van Frankrijk: Jaarlijks wordt ongeveer 20,2 miljoen ton goederen overgeslagen, waarvan 20 miljoen ton afkomstig is van de binnenvaart. Er is een project, genaamd Kanaal Seine-Noord-Europa, voor de aanleg van een kanaal met grote capaciteit om de regio Parijs te verbinden met de havens van Antwerpen, Duinkerken en Rotterdam, voor grote schepen met een breedte van 11,5 meter (38 ft) en een lengte van 185 meter (607 ft).