Ocala ligt in de buurt van de oude plaats Ocale of Ocali, een belangrijk Timucua-dorp en opperhoofd in de 16e eeuw. De huidige stad Ocala heeft de naam van het dorp geleend. De naam zou "Grote Hangmat" betekenen in de Timucua-taal. Hernando de Soto passeerde Ocale tijdens zijn beroemde reis door het huidige zuidoosten van de Verenigde Staten in 1539. Ocale wordt in latere verslagen niet meer genoemd; het schijnt verlaten te zijn na de aanval van de Soto.
In 1827 werd de Amerikaanse legerpost Fort King gebouwd nabij de huidige plaats Ocala als buffer tussen Seminoles en blanke kolonisten. Het fort zag dienst tijdens de Tweede Seminole Oorlog en werd later gebruikt als het eerste gerechtsgebouw voor Marion County in 1844. Fort King was het begin van de huidige stad Ocala, die in 1846 werd gesticht. Groot Ocala staat bekend als het "Koninkrijk van de Zon". In juni 1881 werd Ocala bereikt door het spoor, wat de economische ontwikkeling bevorderde. Twee jaar later werd een groot deel van het centrum van Ocala verwoest door een brand op Thanksgiving Day, 1883. Gebouwen werden herbouwd met baksteen, graniet en staal in plaats van hout. Tegen 1888 stond Ocala in de hele staat bekend als "The Brick City".
In december 1890 hield de Farmers' Alliance and Industrial Union, een vroege versie van de Populistische Partij, haar nationale bijeenkomst in Ocala. Op de vergadering nam de Alliantie een platform aan dat bekend zou worden als de "Ocala Eisen". Dit platform omvatte de afschaffing van nationale banken, laagrentende staatsleningen, vrije en onbeperkte muntslag van zilver, ontginning van door de regering ingenomen overtollige spoorweggronden, een progressieve inkomstenbelasting en rechtstreekse verkiezing van Amerikaanse senatoren. De meeste van de "Ocala Eisen" zouden deel gaan uitmaken van het platform van de Populistische Partij.
Ocala was een belangrijk centrum van citrusproductie tot de Grote Vorst van 1894-1895.
In de twintigste eeuw werd Ocala steeds bekender als centrum voor toerisme in Florida. Belangrijke attracties waren het Silver Springs Nature Theme Park, Wild Waters waterpark, en het nu verdwenen Western-thema Six Gun Territory, allemaal in het nabijgelegen Silver Springs, Florida. (Zie Six Gun Territory Gallery.) Silver Springs is een natuurthemapark van 1,4 km2 dat de bron van de Silver River, de grootste artesische bron ter wereld, omringt.
De eerste volbloed paardenfokkerij in Florida werd opgericht door Carl G. Rose in 1943. Eerder, in 1916, was Rose vanuit Indiana naar Florida gekomen om toezicht te houden op de eerste asfaltweg die ooit in de staat was aangelegd. Toen hij problemen kreeg met het asfalt, probeerde hij te werken met een van Florida's overvloedige hulpbronnen: kalksteen. Hij besefte ook dat de kalksteen een goede voedingsbron zou zijn voor het fokken van sterke paarden, dus nam hij in 1943 een gok en kocht een stuk land langs State Highway 200 voor $10 per acre, wat Rosemere Farm werd. Het volgende jaar won een van zijn paarden, Gornil, in Miami's Tropical Park, waardoor hij de eerste volbloed uit Florida werd die een race in Florida won. Vlak achter Rose's hielen zette de ondernemer Bonnie Heath al snel zijn eigen volbloed paardenfokkerij op en produceerde de eerste Kentucky Derby winnaar van de staat. Beide mannen hebben belangrijke snelwegen in Ocala naar zich genoemd. Bonnie Heath Farm is nu eigendom van en wordt gerund door zijn zoon Bonnie Heath, III, en zijn vrouw Kim. Rosemere Farm werd lang geleden verkocht, en Ocala's Paddock Mall en Central Florida College werden gebouwd op het terrein.
In 1956 kreeg de markt voor volbloeden in Ocala een impuls toen Needles als eerste ras uit Florida de Kentucky Derby won. In 1978 won de in Marion County gefokte Affirmed de Triple Crown. Vandaag de dag is Marion County een van de belangrijkste volbloedcentra ter wereld, met in totaal meer dan 1.200 paardenfokkerijen en ongeveer 900 volbloedfokkerijen met in totaal ongeveer 77.000 acres (310 km2 ). Ocala staat bekend als de paardenhoofdstad van de wereld, één van de slechts vijf steden (vier in de VS en één in Frankrijk) die volgens de richtlijnen van de Kamer van Koophandel deze titel mogen voeren op basis van het jaarlijks door de paardenindustrie geproduceerde geld. Er zijn ongeveer 44.000 banen gecreëerd door het fokken, trainen en aanverwante ondersteuning die de paardenindustrie met zich meebrengt en die jaarlijks meer dan 2,2 miljard dollar oplevert. Ocala en "Postime Farms" ondersteunen ook één van de grootste paardenshows in het land. H.I.T.S of "Horses in the Sun" is een dressuur/spring evenement dat ongeveer twee maanden duurt en elk jaar zo'n 6 tot 7 miljoen dollar oplevert voor de lokale economie van Marion County. Er zijn meer dan 100 verschillende rassen naast volbloeden, waaronder de Tennessee Walker, Paso Fino, Morgans, SaddleBreds, Drafts, en het American Quarter Horse. Andere paardenevenementen in het gebied zijn cowboyschieten door de Florida Outlaws, evenals endurance ritten, barrel races, "extreme" cowboy evenementen, jumper shows, trick shows, parades, draft pulls, en nog veel meer.
Ocala begon een snelle groei te kennen in de jaren 1970 met de ontwikkeling van de Interstate 75 en de oprichting van Disney World, gelegen op ongeveer 70 mijl (110 km) ten zuidoosten.
In de laatste decennia van de twintigste eeuw kende het grotere gebied van Ocala een van de hoogste groeipercentages van het land voor een stad van deze omvang. De bevolking van Marion County bedroeg in 2000 meer dan 250.000, tegenover minder dan 100.000 in 1975. Veel van de groei van de county is toe te schrijven aan de groeiende populariteit van het gebied als pensioenbestemming, voornamelijk in twee gebieden ten zuidwesten en zuiden van de stad: respectievelijk de SR 200 corridor en The Villages.
Veel historische huizen zijn bewaard gebleven in het grote Historic District van Ocala, opgericht in 1984. Een focus van dit district is East Fort King Street, met vele uitstekende voorbeelden van Victoriaanse architectuur. Ocala structuren op de National Register of Historic Places omvatten de Coca Cola Building, de E. C. Smith House, East Hall, de Marion Hotel, Mount Zion A.M.E. Church, de Ritz Historic Inn, en Union Train Station.
Het oorspronkelijke Fort King zelf werd in 2004 een National Historic Landmark genoemd.