In 1543 zetten Portugese handelaars als eersten voet aan wal in Japan, op het eiland Tanegashima. Zes jaar later kwam de jezuïtische missionaris Franciscus Xaverius naar het eiland Kyushu bij Kagoshima. Aanvankelijk waren de Portugese handelaars gevestigd in Hirado. Daarna gingen zij op zoek naar een betere haven. In 1570 werd een machtige landeigenaar of daimyo genaamd Ōmura Sumitada katholiek. (Hij koos Bartolomeu als zijn christelijke naam.) Hij sloot een deal met de Portugezen om Nagasaki beter geschikt te maken voor de handel. Al snel was de haven open. In 1580 gaf Sumitada de jurisdictie van Nagasaki aan de jezuïeten. De Portugezen werden de enigen die zijde verhandelden met China via Macau.
Shogun Iemitsu gaf in 1634 opdracht tot de aanleg van het kunstmatige eiland. Hij deed dit in eerste instantie om de Portugese kooplieden die in Nagasaki woonden in één gebied te houden. Na een opstand van de overwegend christelijke bevolking in de regio Shimabara-Amakusa verbood de regering van Tokugawa alle westerse onderdanen, behalve de Nederlandse werknemers van de Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC). Zonder de jaarlijkse Portugese schepen uit Macau had de economie van Nagasaki zwaar te lijden.
Sinds 1609 hadden de Nederlanders een handelspost op het eiland Hirado. Regeringsambtenaren dwongen de Nederlanders van Hirado naar Dejima te verhuizen. Vanaf 1641 mochten alleen Chinese en Nederlandse schepen naar Japan komen.
Elk schip dat naar Dejima kwam, werd geïnspecteerd. De zeilen werden eraf gehaald tot het schip klaar was om te vertrekken. Religieuze boeken en wapens werden afgenomen. Religieuze diensten waren niet toegestaan op het eiland.
Organisatie
Het eiland Dejima maakte deel uit van de stad Nagasaki. Dejima was klein, 120 bij 75 meter. 25 lokale Japanse families bezaten het land. Zij kregen jaarlijks huur van de Nederlanders. Het eiland was verbonden met het vasteland door een kleine brug met bewakers. Er waren huizen voor ongeveer twintig Nederlanders en pakhuizen voor goederen.
De Nederlanders werden in de gaten gehouden door een aantal Japanse ambtenaren, poortwachters en nachtwakers. Er was ook een hoofdopzichter (otona) die ongeveer vijftig mensen voor zich had werken. Er waren een aantal handelaren om de mensen op Dejima eten en drinken te verkopen en andere artikelen die zij nodig hadden. Er waren ook ongeveer 150 tsūji ("vertalers"). Zij moesten allemaal betaald worden door de VOC. Net als de stad Nagasaki stond Dejima onder direct toezicht van Edo door een gouverneur (Nagasaki bugyō).
Het was erg duur voor de Nederlanders om hun handelspost te betalen. Maar hun handel met Japan was zeer winstgevend voor de VOC. In het begin maakten ze winsten van 50% of meer. In de 18e eeuw werd de handel minder. Dit kwam doordat er nog maar twee schepen per jaar op Dejima mochten aanmeren. In 1795 had de VOC geen geld meer, en ging failliet. Daarna nam de Nederlandse regering de handel met Japan over. Het leven op Dejima werd extra moeilijk toen Nederland (toen nog de Bataafse Republiek) onder Frans Napoleontisch bewind stond. Alle contact met het vaderland werd verbroken. Een tijd lang was Dejima de enige plaats ter wereld waar de Nederlandse vlag wapperde omdat zij niet door Frankrijk werden geregeerd.
De belangrijkste Nederlandse ambtenaar op Dejima werd door de Nederlanders het Opperhoofd genoemd. De Japanners noemden hem ook wel Kapitan (van Portugees capitão).
