Voor 1969 stond de stad bekend als Gaberones. Gaberones verving Mafeking in 1965 als hoofdstad van het protectoraat Bechuanaland. Mafeking lag buiten het Bechuanaland Protectoraat. Het lag in een gebied van Zuid-Afrika. Toen het Protectoraat onafhankelijk werd, had Botswana een hoofdstad nodig die binnen het land lag. Men dacht dat Lobatse de hoofdstad zou worden. Later werd besloten een nieuwe hoofdstad te creëren naast Gaberones, een kleine koloniale administratieve nederzetting.
De oorspronkelijke naam, Gaberones, komt van Gaborone's Village. Het werd genoemd naar opperhoofd Kgosi Gaborone van de BaTlokwa stam. Zijn dorp, dat nu Tlokweng heet, lag aan de overkant van een rivier van het "Government Camp" (hoofdkwartier van de koloniale regering). "Gabs" is nog steeds een gebruikelijke bijnaam voor Gaborone. Een nieuwere bijnaam voor Gaborone is G-City.
Het centrum van de stad werd in drie jaar gebouwd. Het omvat parlementsgebouwen, overheidskantoren, een elektriciteitscentrale, een ziekenhuis, scholen, een radiostation, een telefooncentrale, politiebureaus, een postkantoor en meer dan 1000 huizen. Een groot deel van de stad was klaar voor Onafhankelijkheidsdag op 30 september 1966, toen het graafschap onafhankelijk werd van het Verenigd Koninkrijk. De eerste burgemeester van Gaborone was ds. J. D. Jones. Het oude Gaberones werd een buitenwijk van het nieuwe Gaborone, en staat nu bekend als "the Village".