Lineage
Temüjin was van vaderskant verwant met Khabul Khan, Ambaghai en Qutula Khan, die aan het hoofd stonden van de Mongoolse confederatie. Toen de Chinese Jin-dynastie in 1161 de steun van de Mongolen verruilde voor die van de Tataren, vernietigden zij Khabul Khan. De vader van Genghis, Yesügei (leider van de Borjigin en neef van Ambaghai en Qutula Khan), kwam aan het hoofd te staan van de heersende clan van de Mongolen, maar deze positie werd betwist door de rivaliserende clan Tayichi'ud, die rechtstreeks afstamde van Ambaghai. Toen de Tataren na 1161 te machtig werden, verruilden de Jin hun steun van de Tataren voor die van de Keraits. Toen Yesügei vergiftigd werd, werd Temüjin, die slechts 13 jaar oud was, leider.
Geboorte
Door het gebrek aan archiefstukken is er zeer weinig informatie over het vroege leven van Temüjin. De weinige bronnen die inzicht geven in deze periode zijn vaak tegenstrijdig.
Temüjin werd in 1162 geboren in een invloedrijke familie die deel uitmaakte van een Mongoolse stam in de buurt van de Burkhan Khaldun berg en de Onon en Kherlen rivieren in het huidige Mongolië, niet ver van de huidige hoofdstad Ulaanbaatar. Volgens de Geheime Geschiedenis van de Mongolen werd Temüjin geboren met een bloedklonter in zijn vuist, een teken dat hij voorbestemd was om een groot leider te worden. Hij was de op één na oudste zoon van zijn vader Yesükhei, een minder belangrijk stamhoofd van de Kiyad en een bondgenoot van Ong Khan van de Kerait-stam, en de oudste zoon van zijn moeder Hoelun. Volgens de Geheime Geschiedenis was Temüjin genoemd naar een Tataarse hoofdman die zijn vader juist gevangen had genomen. De naam suggereert ook dat zij mogelijk afstamden van een familie van smeden.
De clan van Yesükhei heette Borjigin (Боржигин), en Hoelun was van de Olkhunut, de onderstam van de Onggirat-stam. Net als andere stammen waren zij nomaden. Omdat zijn vader een stamhoofd was, was Temüjin van adellijke afkomst. Na zijn dood volgde zijn derde zoon Ogodei hem op. Hij had vier koninginnen, en Ogodei werd geboren uit zijn eerste vrouw.