Buiten Egypte is de politieke activiteit van de groep meer traditioneel en conservatief. Binnen Egypte is de groep modernistisch en wil hervormingen. In Koeweit zegt de Moslim Broederschap bijvoorbeeld dat vrouwen geen stemrecht mogen hebben bij verkiezingen. De Broederschap heeft terrorisme en de aanslagen van 9/11 veroordeeld. Of de groep banden heeft met terroristische organisaties wordt betwist.
De vraag of en hoe geweld moet worden gebruikt, heeft ook tot geschillen binnen de beweging geleid. Soms splitsten de voorstanders van geweld zich af van de hoofdgroep en richtten hun eigen groepen op. Voorbeelden van dergelijke groepen zijn Al-Gama'a al-Islamiyya (De Islamitische Groep) en Al Takfir Wal Hijra (Excommunicatie en Migratie).
Onder de meer invloedrijke leden van de Broederschap was Sayyid Qutb. Qutb was de auteur van een van de belangrijkste boeken van het islamisme, Mijlpalen. Het boek riep op tot het herstel van de Islam door het opnieuw instellen van de Sharia en door het gebruik van "fysieke kracht en Jihad voor het afschaffen van de organisaties en autoriteiten van het Jahili systeem". Qutb geloofde dat deze de hele moslimwereld omvatten. Het boek onthult ook dat Qutb niet langer de ideeën van de Broederschap aanhing en dat hij dichter bij de ideeën van Hizb ut-Tahrir stond, hetgeen wordt geconcludeerd in de inleiding en toewijding van het boek" Tijdens zijn studie aan de universiteit beweerde Osama bin Laden te zijn beïnvloed door de religieuze en politieke ideeën van verschillende professoren met sterke banden met de Moslim Broederschap, waaronder zowel Sayyid Qutb als zijn broer Muhammad Qutb. Toen Al Qaeda echter eenmaal volledig georganiseerd was, hekelden zij de hervorming van de Moslim Broederschap door geweldloosheid en beschuldigden hen van "verraad aan de zaak van de Islam en het opgeven van hun 'jihad' ten gunste van het vormen van politieke partijen en het steunen van moderne staatsinstellingen".
De Broederschap wordt gefinancierd door bijdragen van haar leden, die verplicht zijn een deel van hun inkomen aan de beweging te besteden. Een deel van deze bijdragen is afkomstig van leden die in olierijke landen wonen.