Naruto Uzumaki
De gelijknamige hoofdrolspeler die lid is van Team 7 en de Jinchuriki van Kurama de Negen Staarten, met ambities om Hokage te worden om het respect van de dorpelingen te winnen en iedereen te beschermen. In de loop van de serie, waarvan wordt onthuld dat hij een afstammeling is van Asura Otsutsuki wiens chakra en uithoudingsvermogen hij heeft geërfd, raakt Naruto bevriend met vele buitenlanders en Konoha-mensen en krijgt hij uiteindelijk een aanzienlijke positieve invloed op hun levens, tot het punt waarop hij wereldwijde bekendheid verwerft. Naruto bereikt uiteindelijk zijn droom om Hokage te worden en een gezin te stichten met Hinata Hyuga en hun kinderen Boruto en Himawari.
Sasuke Uchiha
De hoofdpersoon van de serie is een lid van Team 7 en een overlevend lid van de Uchiha clan, een machtige ninja clan die afstamt van Indra Otsutsuki en bekend staat om hun Sharingan ogen. Sasuke's enige verlangen is om zijn clan te wreken, wat er uiteindelijk toe leidt dat hij zich tegen het Verborgen Blad keert zodra hij de waarheid leert kennen tot aan de Vierde Grote Ninja Oorlog. Door de gebeurtenissen in Boruto, die zijn arm verloor, werd Sasuke een rondtrekkende burgerwacht die de invloed van de Otsutsuki clan op de wereld onderzocht, terwijl hij Konohagakure hielp.
Sakura Haruno
Een van Naruto's vrienden en een vrouwelijk lid van Team 7, die als de medicijnman van de groep diende na door Tsunade te zijn opgeleid. Sakura was aanvankelijk verliefd op Sasuke, terwijl ze wrok koesterde tegen Naruto. Geleidelijk aan zag ze Sasuke als een vriend, terwijl ze uiteindelijk met Sasuke trouwde en hun dochter Sarada opvoedde.
Kakashi Hatake
De leider en sensei van Team 7/Team Kakashi, voorheen een student van Naruto's vader Minato en een sharigan gekregen van zijn teamgenoot Obito Uchiha. Na de Vierde Grote Ninja Oorlog werd Kakashi de Zesde Hokage en regeerde Konoha vele jaren voordat hij afstand deed ten gunste van Naruto.
Sai
Een ninja die Sasuke's plaats in Team Kakashi inneemt in deel II, en in staat is zijn tekeningen tot leven te brengen. Aanvankelijk opgevoed als een emotieloze drone door de opzichter van de Foundation, Danzo Shimura, begint Sai socialer te worden als hij, Naruto en Sakura tot een verstandhouding komen. In de epiloog van de serie trouwt Sai uiteindelijk met de Yamanaka en voedt hij zijn zoon Inojin samen met zijn vrouw Ino op.
Yamato
Een ANBU lid dat een secundaire leider wordt in Team Kakashi, waarvan bekend werd dat hij zijn oorspronkelijke identiteit verloor als gevolg van Orochimaru die als kind op hem experimenteerde om Hashirama's houtstijl na te maken. Omdat hij de cellen van Hashirama bezit, is Yamato van vitaal belang bij het onderdrukken van de Negen Staarten wanneer Naruto op het punt staat door de chakra van het beest met de staart te worden verteerd.
Hidden Leaf Village
Iruka Umino
Een instructeur aan de Ninja Academy die als kind zijn ouders aan Kurama verloor, waardoor hij zich ongemakkelijk voelde om Naruto's leraar te zijn, ondanks de beslissing van de derde Hokage vanwege hun gelijksoortige achtergrond. Iruka is uiteindelijk de eerste die Naruto erkent en een vaderfiguur voor de jongen wordt.
Konohamaru Sarutobi
De kleinzoon van de Derde Hokage die Naruto als mentor ziet in zijn streven om Hokage te worden, en zijn werkethiek, vastberadenheid en kenmerkende jutsu zoals de Rasengan en de Sexy Jutsu naast een verscheidenheid aan andere technieken emuleert. Konohamaru staat er echter op dat hij pas Hokage wordt als Naruto eerst Hokage is geweest. In de epiloog van de serie is Konohamaru opgeklommen tot jonin en mentor geworden van Naruto's zoon Boruto.
Hinata Hyuga
Een van Naruto's vrienden en een lid van de Hyuga clan, een machtige ninja clan die afstamt van Hamura Otsutsuki en bekend staat om hun Byakugan ogen. Hinata was de eerstgeboren dochter van het hoofdhuis, maar haar verlegenheid en onvermogen om voor zichzelf op te komen leidden ertoe dat ze door haar vader Hiashi werd verstoten en vervangen door haar jongere zus Hanabi. Hinata werd onder de hoede gesteld van Kurenai Yuhi en werd haar gennin-leerling naast Kiba Inuzaka en Shino Abarame als leden van Team 8. Hinata ontwikkelde ook geleidelijk gevoelens voor Naruto, wiens eigen vastberadenheid haar inspireerde om vertrouwen in zichzelf te krijgen, voordat ze uiteindelijk haar liefde voor hem bekende. Hinata trouwt met Naruto en ze krijgen twee kinderen in de epiloog van de serie.
Team Asuma
Voorheen bekend als Team 10, zijn zij samengesteld uit de zoon van de Derde Hokage, Asama Sarutobi, en zijn drie leerlingen Shikamaru Nara, Sakura's rivaal Ino Yamanaka, en Choji Akimichi. Shikamaru en zijn vrienden zijn ook de huidige erfgenamen van de bijnaam "Ino-Shika-Cho", omdat hun clans nauwe bondgenoten zijn. In deel II wordt Asuma gedood door Akatsuki lid Hidan en Shikamaru wreekt zijn mentor en wordt de leider van de groep. In de epiloog van de serie komt hij zijn belofte na om voor Asuma's dochter Mirai Sarutobi te zorgen. Shikamaru en zijn vrienden zijn getrouwd en voeden hun kinderen Shikadai Nara, Chocho Akimichi en Inojin Yamanaka op als de volgende "Ino-Shika-Cho" groep.
Team Guy
Een ninja team bestaande uit Kakashi's rivaal Might Guy en zijn drie leerlingen Rock Lee, Hinata's nicht Neja Hyuga, en Tenten. Zij zijn een jaar ouder dan de andere Hidden Leaf gennins, omdat Guy een jaar wilde wachten voordat zij de test konden afleggen om hoger in de ninja rank te komen en Chunin te worden. Aan het eind van de serie offert Neji zich op om Naruto en Hinata te redden, terwijl de ciritale schade die Guy opliep in zijn ultieme aanval hem tot vervroegd pensioen dwingt.
Jiraiya
Naruto's mentor en een van de drie Legendarische Sannin, de leerlingen van de derde Hokage die berucht zijn geworden omdat hij de Hanzo van de Salamander van de Verborgen Regen in de strijd heeft overleefd. Hij staat ook bekend als de "Toad Sage" omdat hij Sage jutsu heeft geleerd van de Roads of Mt. Myobu, waarvan de ouderling hem heeft verteld dat zijn leerling een redder van de wereld zal worden, en ook als "pervy sage" door Naruto omdat hij de openlijk wellustige auteur is van een serie bestsellers van romans voor volwassenen. Hij schreef ook het epos "Tale of the Gutsy Ninja", met Naruto vernoemd naar de hoofdpersoon. Tijdens deel I nam hij Naruto als zijn leerling voordat hij hem in deel II verliet om de Akatsuki te onderzoeken en te leren dat deze geleid werd door zijn voormalige leerling Nagato. Jiraiya sterft vechtend terwijl hij een boodschap verzendt om het Verborgen Blad een kans te geven tegen Nagato, omdat hij gelooft dat Naruto het kind is van de profetie van de Oudere Pad.
Hokage
De term Hokage verwijst naar de titel van de leider van Konohagakure, met in totaal zeven in de reeks, wier beeltenissen zijn uitgehouwen in de rotsformatie die Konohagakure overziet.
- Hashirama Senju, de eerste Hokage, was de medeoprichter van Konohagakure en de voormalige leider van de Senju Clan. Hashirama had in zijn jeugd de periode van de Warring States meegemaakt en wilde een einde maken aan het conflict. Hij sloot vriendschap met Madara Uchiha voordat de jeugd hen tot vijanden verklaarde. Hashirama overtuigde Madara later om hun clans vrede te laten sluiten terwijl ze Konoha vonden. Hashirama stierf later en werd in de loop van de serie twee keer gereanimeerd door Orochimaru.
- Tobirama Senju, de tweede Hokagem, is de jongere broer van Hashirama en de leraar van Hiruzen Sarutobi, die de Hokage zou zijn geweest die de infrastructuur van het verborgen blad heeft gecreëerd, samen met verschillende jutsu waaronder de schaduwkloon Jutsu en de controversiële reanimatie Jutsu, waaraan hij uiteindelijk door Orochimaru werd onderworpen.
- Hiruzen Sarutobi, de derde Hokage, is de eerste Hokage die in de serie wordt geïntroduceerd. Gedurende de serie is hij een bron van wijsheid voor de jongere generaties en vanaf het begin is hij een van de weinige personages die Naruto als persoon behandelt in plaats van als een jinchuriki. Hij is ook de mentor van de Legendarische Sannin, die door zijn eigenzinnige leerling wordt gedood terwijl hij het Reaper Death Seal gebruikt om zijn ziel en die van zijn drie voorgangers in de maag van de reaper op te sluiten, samen met een deel van de ziel van Orochimaru. Tijdens de Vierde Grote Ninja Oorlog bevrijdt Orochimaru de ziel van Hiruzen uit het Doodzegel en reanimeert hem zodat Sasuke de gebeurtenissen achter de Uchiha Clan Massamoord kan bevestigen. Later neemt hij deel aan de strijd tegen Obito en Madara, samen met de andere herrezen Hokage, voordat hij na Kaguya's nederlaag tot rust wordt gebracht.
- Minato Namikaze, de vierde Hokage, is de vader van Naruto Uzumaki. Hij is ook de leraar van Kakashi en de leerling van Jiraiya, die Tobirama's vliegende dondergod teleportatie Jutsu heeft geperfectioneerd. Voor het begin van de serie, na een gevecht met Tobi, hevelt Minato de Yin chakra van Kurama over om het beest te verzwakken, zodat het in Naruto's lichaam kan worden verzegeld in een offerdaad, zodat alleen zijn zoon toegang heeft tot de yang chakra van de Nine-Tails. jaren later door Orochimaru als een Nine Tails Jinchuriki gereanimeerd, herenigd Minato zich met Naruto en draagt uiteindelijk de yin chakra van de Nine Tails aan zijn zoon over voordat hij naar het hiernamaals terugkeert.
- Tsunade, de Vijfde Hokage, is de Hokage voor het grootste deel van de serie. Zij is een verschijning van de Derde Hokage en lid van de Senju clan via haar grootvader Hashirama, die over bovenmenselijke kracht beschikt en een transformatietechniek gebruikt om haar jeugdige uiterlijk te behouden. Tsunade wilde aanvankelijk niets te maken hebben met de Hokage omdat haar jongere broer Nawaki en haar vriend Dan Kato beiden bij het nastreven van die droom zijn gestorven. Maar na een ontmoeting met Naruto Uzumaki krijgt ze haar geloof terug en wordt Hokage terwijl ze haar vaardigheden doorgeeft aan Sakura en Ino. Aan het einde van de serie gaat Tsunade met pensioen aan het einde van de Vierde Grote Ninja Oorlog en geeft de Hokage titel aan Kakashi.
Danzo Shimura
Een inwoner van Verborgen Blad die de leider is van de Stichting, een geheime organisatie die toeziet op de veiligheid van hun dorp, samen met zijn persoonlijk doel om Hokage te worden. Omdat hij Hiruzen en zijn opvolgers als zwakzinnig beschouwde, veroorzaakte Danzo's actie talrijke gebeurtenissen, waaronder het Uchiha bloedbad, het in dienst nemen van Orochimaru om zijn rechterarm te verrijken met meerdere Sharingan ogen en Hashirama's cellen. Hoewel Danzo tijdens Tsunade's coma tot Acting Candidate Sixth Hokage werd benoemd, werd hij uiteindelijk dodelijk verwond door Sasuke en zijn dood leidde tot de ontbinding van de Foundation in de nasleep van de Vierde Grote Ninja Oorlog.
Antagonisten
Zabuza Momochi
Een van Naruto's eerste tegenstanders en een voormalig lid van de Zeven Zwaardenmannen van de Mist, een groep ninja's die bijzonder grote zwaarden gebruiken in de strijd. Zabuza is berucht om het afslachten van zijn hele klas als onderdeel van een afstudeerritueel. Hij bezit een groot zwaard, de Executioner's Blade, dat zichzelf kan herstellen door het ijzer uit bloed te absorberen. Zabuza en zijn leerling Haku, die de Ice-Style Kekkei Genkai bezit, worden malafide ninja's na een mislukte staatsgreep van de Vierde Mizukage en worden huurmoordenaars om een nieuwe poging te financieren in dienst van een misdaadbaas genaamd Gato. Maar door Team 7 te ontmoeten en verraden te worden door Gato, wordt Zabuza gedood omdat hij en Haku gereanimeerd worden door Kabuto tijdens de Vierde Grote Ninja Oorlog.
Orochimaru
Een misdadiger die dienst deed als de belangrijkste schurk van deel I, de eigenzinnige leerling van Hiruzen die zich eerder aansloot bij de Akatsuki en zich verbond met Danzo. Orochimaru's verlangen naar onsterfelijkheid, zodat hij elke justu die er bestaat kan leren, heeft hem ertoe gebracht op zijn mede-ninja's te experimenteren voordat hij zijn eigen ninjadorp stichtte, het Verborgen Geluidendorp, als zijn persoonlijk laboratorium om zijn werk voort te zetten terwijl hij een persoonlijk leger verzamelt om Konoha mee te vernietigen. Zijn onsterfelijkheidstechniek houdt in dat hij om de zoveel jaar zijn bewustzijn verplaatst van het ene gastlichaam naar het andere, waarbij zijn intentie om het lichaam van Sasuke Uchiha te bemachtigen zijn drijfveer is gedurende het grootste deel van de serie. Na het einde van deel II, onder toezicht van Yamato, heeft Orochimaru afstand gedaan van zijn persoonlijke oorlog tegen het Verborgen Bladerdorp, terwijl hij Mitsuki creëerde.
Kabuto Yakushi
Orochimaru's rechterhand en spion, die bekwaam genoeg is in medische ninjutsu om cellen te manipuleren. Kabuto was aanvankelijk een infiltrant van de Stichting die zich niets van zijn verleden herinnerde en door Orochimaru werd opgenomen toen Danzo hem als een veiligheidsrisico beschouwde. Kabuto gebruikt zijn vaardigheden om namens Orochimaru informatie over verschillende groepen te verzamelen. Nadat Orochimaru is uitgeschakeld, besluit Kabuto zijn lot in eigen handen te nemen door de Snake Sage jutsu te beheersen en een deel van Orochimaru's overblijfselen in zijn lichaam te integreren, samen met DNA-monsters van Sound Five, Jugo, Suigetsu, en Karin. Kabuto perfectioneert ook de Reanimatie Jutsu, en dwingt een alliantie met Tobi af met Sasuke als betaling voor zijn oppervlakken. Maar Kabuto wordt uiteindelijk verslagen en heroverweegt zijn levenskeuzes als hij besluit Sasuke te redden. In de nasleep van de oorlog, onder toezicht gehouden door het Verborgen Blad, keerde Kabuto terug om het weeshuis te runnen waar hij als kind samen met zijn geadopteerde broer Urushi werd vastgehouden.
Itachi Uchiha
Een afvallige Hidden Leaf ninja die zich bij de Akatsuki aansloot nadat hij zijn clan had afgeslacht, en die als een schurk werd afgeschilderd. Maar na zijn dood blijkt Itachi loyaal te zijn aan het Verborgen Blad en zijn familie alleen te hebben gedood toen zij dreigden een staatsgreep te plegen in opdracht van Danzo, waarbij Tobi hem bijstond. Itachi accepteert de opdracht op voorwaarde dat Sasuke gespaard blijft, omdat hij van plan was Sasuke hem te laten doden. Itachi behoudt zijn loyaliteit aan het Verborgen Blad door in het geheim de Akatsuki te bespioneren, waarbij hij als lid samenwerkt met Kisame.
Akatsuki
De Akatsuki, de belangrijkste antagonistische kracht in het tweede deel van de Naruto serie, werd opgericht door Jiraiya's leerlingen Yahiko, Nagato en Konan als een vredesmacht in de Verborgen Regen voordat een tragedie georkestreerd door Danzo Tobi in staat stelde de Akatsuki om te vormen tot ingehuurde huurlingen bestaande uit losgeslagen ninja's. De Akatsuki, met Nagato nu als boegbeeld, die ervan uitgaat dat hun doel is iedereen te dwingen het lijden te begrijpen omwille van echte vrede, handelt naar Madara's Project Tsuki no Me (Maanoog) om de gestaartte beesten aan het Gedo-standbeeld te voeren en een Oneindige Tsukiyomi uit te roepen om de hele mensheid te onderwerpen.
- Nagato, vooral bekend onder zijn alias Pain met Madara's ogen op hem geïmplanteerd toen hij een kind was, is het boegbeeld van de Akatsuki en de partner van Konan. De "Pain" die het vaakst in de serie wordt gezien en gebruikt is de Deva Path, die eigenlijk het lijk is van Nagato's overleden vriend Yahiko die de Akatsuki's stichtende leider was met hen en Konan als oorlogswezen die ninjutsu leerden van Jiraiya. Na kreupel te zijn geworden na de dood van Yahiko, gebruikt Nagato zes aangepaste lijken die bekend staan als de Zes paden van pijn als gevolmachtigden die elk een zesde van zijn volledige kracht gebruiken. Na Jiraiya te hebben gedood, leidt Nagato een aanval op het Verborgen Blad waarbij Naruto zijn paden verslaat en erin slaagt Nagato's geloof in Jiraiya's leer te herstellen doordat hij zichzelf opoffert om een jutsu te gebruiken die Tobi voor de wederopstanding van Madara had bedoeld. Tobi ontheiligt later Nagato's rustplaats om de Rinnegan te bemachtigen, die Madara later weer opeist, waarbij Kabuto Nagato reanimeert voor de Vierde Grote Ninja Oorlog voordat hij door Itachi wordt verzegeld.
- Konan, het enige vrouwelijke lid van de Akatski en de jeugdvriendin van Nagato. Onder Jiraiya leerde Konan haar natuurlijke talent voor origami uit te buiten en gebruikte het als een belangrijk onderdeel van haar vechtstijl. Na Nagato's dood trekt Konan zich terug uit Akatsuki en vecht later tegen Tobi als hij voor de Rinnegan ogen komt, uiteindelijk gedood nadat haar zelfmoordaanval mislukte.
- Kisame Hoshigaki, een schurkachtige ninja uit het dorp Hidden Mist die een partner is van Itachi Uchiha. Als een van de zeven zwaardvechters van de Nevel gebruikt Kisame een zwaard met levende schubben, Sharkskin genaamd, dat onnoemelijk veel chakra van de tegenstander absorbeert en naar Kisame overbrengt om hem een oneindige hoeveelheid uithoudingsvermogen te geven. Zijn reden om zich bij de Akatsuki aan te sluiten was een wereld zonder leugens te zien. Later ging hij achter Killer Bee aan voordat zijn missie veranderde in infiltratie en hij zelfmoord pleegde toen hij gevangen werd genomen en de locatie van de jinchuriki's naar Tobi stuurde.
- Sasori, een schurkachtige verborgen zandpop ninja die bekend staat als "Sasori van het Rode Zand" vanwege zijn talent in het maken van gif. Opgevoed door zijn grootmoeder Chiyo nadat zijn ouders waren vermoord door Kakashi's vader Sakumo Hatake, ontwikkelde Sasori's obsessie voor het maken van dingen die eeuwig meegaan hem een manier om menselijke lijken om te zetten in marionetten waarvan hij de vaardigheden in het leven kan gebruiken. Sasoei verliet zijn dorp, ontvoerde de Derde Kazekage en maakte hem tot zijn voornaamste wapen nadat hij zijn ijzeren zand met gif had doorspekt. Sasori veranderde later zijn eigen lichaam in een marionet die zich verbergt in zijn gepantserde lichaamspoppetje Hiruko, waardoor hij in wezen sterfelijk werd terwijl hij honderden marionetten tegelijk bestuurde. Nadat Sasori zich bij de Akatsuki had aangesloten, werd hij gekoppeld aan Orochimaru en vervolgens aan Deidara toen zij Gaara gevangennamen om de One Tail uit hem te halen. Maar Sasori wordt gedood en zijn poppenlichaam wordt gebruikt door Kankuro.
- Deidara, een schurkachtige Hidden Stone ninja die de kost verdiende als terroristische huurbommenlegger met zijn klei-explosieven, voordat Itachi Uchiha hem dwong zich aan te sluiten bij de Akatsuki. Hoewel hij de organisatie omarmde, als partner van Sasori en vervolgens Tobi, ontwikkelde Deidara een wrok tegen de Uchiha-clan in het algemeen, omdat hij het gevoel had dat hun Sharingan-ogen neerkeken op zijn kunstwerken. Nadat hij een rol heeft gespeeld in de gevangenneming van Gaara en de Drie Staarten, vecht Deidara tegen Sasuke en blaast uiteindelijk zichzelf op in een laatste poging zijn tegenstander te doden. Deidera wordt later gereanimeerd door Kabuto tijdens de Vierde Grote Ninja Oorlog voordat hij wordt verslagen door Kankuro.
- Hidan, een sadomasochistische rouge ninja uit het Verborgen Kokende Waterdorp die gewapend is met een zeis en partner is van Kakuzu. Als lid van een doodscultus bekend als de Weg van Jashin, werd Hidan onsterfelijk terwijl hij rituele technieken ontwikkelde die hem in staat stellen zijn tegenstander te vermoorden door zichzelf fatale verwondingen toe te brengen. Hidan werd een vijand van Shikamaru nadat hij Asama had vermoord, waarna hij in stukken werd gehakt en in het familiebos van de Nara's werd begraven.
- Kakuzu, een ninja uit het verborgen waterval dorp en Hidan's partner. Kakuzu, die in de tijd van de eerste Hokage leefde, beheerste een verboden jutsu die ervoor zorgt dat zijn lichaam door zwarte dreigingen bijeengehouden wordt en tot vijf harten assimileert om zijn leven voor onbepaalde tijd te verlengen. Hoewel hij uit hebzucht als schatbewaarder en premiejager van de Akatsuki fungeert, doodt hij een meerderheid van zijn partners voordat hij aan de onsterfelijke Hidan wordt gekoppeld. Kakuzu's harten worden systematisch vernietigd tijdens zijn gevecht tegen de Hidden Leaf ninja, waarbij Kakashi hem afmaakt nadat Naruto zijn laatste hart op het punt van mislukken achterlaat. Kakuzu wordt later gereanimeerd tijdens de Vierde Grote Ninja Oorlog voordat hij wordt verzegeld.
Obito Uchiha
Ook bekend als Tobi, is hij de ware leider van de Akatsuki en de belangrijkste antagonist voor het grootste deel van deel II. Net als Naruto als kind tijdens de Derde Grote Ninja Oorlog, gaf hij zijn linkeroog aan zijn teamgenoot Kakashi toen het erop leek dat hij zou sterven. Ondanks zijn ogenschijnlijke dood werd Obito gered door Madara, die de beschadigde delen van zijn lichaam verving door Zetsu protheses en hem conditioneerde om zijn leerling te worden. De ninja zorgde ervoor dat Obito getuige werd van de dood van Rin Nohara als oorlogsslachtoffer door een onwillige Kakashi om zijn geest te breken. Obito komt tot de conclusie dat hij de Staartberen kan gebruiken om de huidige realiteit te vernietigen en een utopie te creëren. Hij neemt Madara's naam aan en manipuleert gebeurtenissen die leiden tot het ontstaan van de huidige Akatsuki en de aanval van de Negen Staarten op het Verborgen Verlaatdorp, uit wrok tegen zijn vroegere mentor Minato. Behalve dat hij zijn rechter Sharingan kan gebruiken om Kamui zo te manipuleren dat het lijkt alsof hij ongrijpbaar is en over grote afstanden kan teleporteren, kan Obito ook Wood Style aanvallen gebruiken omdat zijn protheses de cellen van Hashirama bezitten. Nadat hij is verslagen en zijn vertrouwen in de wereld is hersteld, en de Sharingan die hij Kakashi had gegeven heeft teruggekregen, sterft Obito terwijl hij Team 7 beschermt tegen Kaguya en blijft hij lang genoeg onder de levenden om Kakashi in de geest te helpen.
Madara Uchiha
Een van de medeoprichters van het Verborgen Bladerdorp, samen met zijn jeugdvriend en aartsvijand Hashirama Senju. Later bleek dat de twee reïncarnaties waren van de voorouders van hun clans, Indra en Asura, voorafgaand aan Sasuke en Naruto. Madara is een wraakzuchtige en arrogante cynicus die de Senju haatte voor het doden van zijn broers tijdens de Warring States Period. Hij accepteerde uiteindelijk Hashirama's vredesaanbod, maar raakte uiteindelijk gedesillusioneerd over hem omdat hij besefte dat hij geen plaats had in het Hidden Leaf Village. Dit bracht Madara ertoe om te proberen het Verborgen Blad te vernietigen met de Negen Staarten, voordat hij door Hashirama werd verslagen. Hij deed alsof hij dood was en gebruikte Hashirama's bloed om zijn Rinnegan te laten ontwaken en het Gedo-standbeeld op te roepen om zijn leven te verlengen. Madara sterft uiteindelijk nadat hij Obito Uchiha tot zijn agent heeft gemaakt, die zijn Rinnegan in Nagato heeft getransplanteerd om te worden bewaard voor zijn geplande wederopstanding. Ondanks een paar tegenslagen, herrijst Madara en maakt zichzelf tot de jinchuriki Ten Tails om zijn plan uit te voeren, voordat hij verraden wordt door Black Zetsu en tot een vat voor Kaguya wordt gemaakt. Hoewel hij bevrijd werd toen Kaguya weer verzegeld was, bracht de beproeving een betreurde Madara op het randje van de dood en hij stierf toen hij eindelijk vrede sloot met Hashirama.
Kaguya Otsutsuki
De centrale onderliggende antagonist van de Naruto reeks en een lid van de hoofdfamilie van de Otsutsuki clan, een ras van buitenaardse ninja's waarvan de afstammelingen van de takfamilie de Senju, de Uchiha, en de Hyuga zijn. Kaguya heeft besloten de wereld te beschermen in plaats van zich ervan te voeden zoals haar verwanten, en wordt een verlengstuk van de Goddelijke Boom van de wereld terwijl ze haar ideaal van wereldvrede vestigt. Maar Kaguya verliest uiteindelijk het vertrouwen in de mensheid als ze sommige mensen die door de Divine Tree zijn geassimileerd, in haar persoonlijke leger van White Zetsu verandert als verdediging tegen haar verwanten, wat leidt tot een confrontatie met haar half-menselijke tweelingzonen Hagoromo en Hamura als ze ontdekt dat ze haar chakra hebben geërfd. Kaguya versmolt uiteindelijk met de Goddelijke Boom en transformeerde deze in de Tien Staarten voordat ze in de maan werd verzegeld toen ze door Hagoromo werd gevangen en gereduceerd werd tot het lijkachtige Gedo-standbeeld terwijl haar geëxtraheerde chakra in de negen Staartbeesten werd versplinterd. Maar Kaguya schiep op het laatste moment Zwarte Zetsu om haar terugkeer via Indra en de Uchiha Clan te orkestreren, waarbij Madara Uchiha uiteindelijk haar schip werd toen hij eenmaal haar doel diende. Maar Naruto en Sasuke, met de hulp van hun team, slagen erin om Kaguya te verzegelen met de staartbeesten en Madara uit haar lichaam te halen.
- Zetsu, het enige onmenselijke lid van de Akatsuki, dient als hun spion en is belast met het opruimen van overleden Akatsuki-leden of van degenen die de organisatie niet gevonden wil zien. Zetsu bestaat eigenlijk uit twee wezens, de eerste is een schaduw-achtige symbiont die bekend staat als Zwarte Zetsu, gecreëerd door Kaguya om haar kleinzoon Indra en zijn nakomelingen te manipuleren voordat Madara een Rinnegan manifesteerde om te dienen als middel om Kaguya te bevrijden. Zwarte Zetsu deed zich voor als Madara's constructie terwijl hij zich verbond met een Witte Zetsu, één van de duizenden voormalige mensen die in het Gedo-standbeeld waren geassimileerd als plantachtige drone-soldaten. Nadat Witte Zetsu door Sasuke is gedood tijdens de Vierde Grote Ninja Oorlog, sluit Zwarte Zetsu zich uiteindelijk aan bij Obito en daarna bij Madara voordat hij met Kaguya wordt verzegeld.
- Tobi, ook bekend als "Gurguru", is een Witte Zetsu die diende als Obito's exoskelet terwijl hij omging met zijn nieuwe lichaam en diende als inspiratie voor Obito's Tobi gedaante. Tobi neemt deel aan de Vierde Grote Ninja Oorlog door Yamato te omhullen om toegang te krijgen tot zijn Wood-Style voordat hij hem uitwerpt als Madara erin slaagt de Oneindige Tsukiyomi uit te werpen. Hij wordt voor het laatst gezien terwijl hij ineenstort nadat de jutsu is geannuleerd, met zijn voormalige gevangene als enige getuige van zijn dood.
