De Tweede Vloot is de naam van de tweede groep schepen die met kolonisten, veroordeelden en voorraden naar de kolonie in Sydney Cove in Port Jackson, Australië, werden gestuurd. De vloot bestond uit zes schepen: een escorte van de Royal Navy, vier schepen met veroordeelden en een bevoorradingsschip.

Het was de bedoeling dat de schepen samen naar Australië zouden varen, en in 1789 in Sydney Cove zouden aankomen. Het escorteschip leed onderweg echter schipbreuk en kwam niet aan, en één veroordeeldenschip liep vertraging op en kwam twee maanden na de andere schepen aan.

In tegenstelling tot de Eerste Vloot, waar veel moeite werd gedaan om de veroordeelden gezond te houden, werd de Tweede Vloot geleid door particuliere bedrijven die de veroordeelden onder erbarmelijke omstandigheden hielden. Toen ze in Sydney aankwamen, waren de zieke veroordeelden een aderlating voor de toch al in moeilijkheden verkerende kolonie.