De Vrouwe Juliana voer vóór de andere veroordeeldenschepen en wordt niet altijd tot de Tweede Vloot gerekend. Het bevoorradingsschip Justinian voer niet mee met de convictschepen en kwam eerder aan dan zij. HMS Guardian vertrok vóór de convictsschepen, maar stuitte na Kaap de Goede Hoop op ijs, keerde terug naar zuidelijk Afrika en leed schipbreuk op de kust.
De Surprize, Neptune en Scarborough werden gestuurd door de firma "Camden, Calvert & King". Zij hadden toegezegd de veroordeelden te vervoeren, te kleden en te voeden tegen een vergoeding van £17 7s. 6d per persoon. Dit bedrag werd betaald ongeacht of de veroordeelden dood of levend aankwamen. Deze firma had eerder slaven vervoerd naar Noord-Amerika. De enige mensen van de regering op het schip waren de scheepsagent, luitenant John Shapcote, en de kapitein van de wacht; alle andere bemanningsleden werden door de firma geleverd.
De Tweede Vloot verliet Engeland op 19 januari 1790, met 1.006 veroordeelden (928 mannen en 78 vrouwen). Onderweg maakten ze slechts één stop, bij Kaap de Goede Hoop. Hier werden 20 mannelijke veroordeelden, overlevenden van de Guardian, aan boord genomen. De drie schepen maakten een snellere reis dan de Eerste Vloot en arriveerden in Port Jackson in de laatste week van juni 1790. Dit was drie weken na Lady Juliana, en één week na het bevoorradingsschip Justinian.
De reis verliep snel, maar het sterftecijfer was het hoogste in de geschiedenis van het vervoer naar Australië. Van de 1.026 veroordeelden die vertrokken, stierven er 267 (256 mannen en 11 vrouwen) tijdens de reis (26%).
Op Neptunus kregen de veroordeelden niet genoeg te eten, ze werden met kettingen vastgebonden en mochten zelden het dek op. Velen van hen kregen scheurbuik. Op Scarborough kregen ze wel te eten, maar een gerapporteerde poging tot muiterij leidde ertoe dat de veroordeelden onderdeks werden opgesloten.
Kapitein William Hill, de kapitein van de wacht, schreef later dat de kapiteins van de schepen de veroordeelden niet voedden om het voedsel in een ander land te kunnen verkopen. Zij wilden dat de veroordeelden snel stierven, zodat zij het voedsel niet aan hen hoefden te verspillen en het konden bewaren om het later te verkopen.