Na een wat moeilijke jeugd werd Anna door haar vader gepsychoanalyseerd. Toen haar analyse in 1922 was afgerond, werd ze zelf psychoanalyticus. Ze gaf les aan het Weense psychoanalytische opleidingsinstituut over de techniek van de kinderanalyse. Van 1925 tot 1934 was zij secretaris van de Internationale Psychoanalytische Vereniging. Zij zette de kinderanalyse voort en gaf seminars en conferenties over dit onderwerp.
Na de Anschluss in 1938 ontvluchtten de Freuds Wenen en kwamen naar Londen. Freud zelf was stervende aan kanker, dus leidde Anna het huishouden. Anna had een professioneel meningsverschil met Melanie Klein, die veel eerder naar Londen was gekomen en zich al had gevestigd als kinderpsychologe. De British Psychoanalytical Society hield een reeks "controversiële discussies". De discussies gingen over de opleiding en de ideeën van beide partijen. Uiteindelijk werd overeengekomen dat beide "scholen" binnen de Society naast elkaar zouden bestaan. De Society heeft nu drie opleidingsafdelingen: Kleiniaans, Freudiaans en Onafhankelijk.
Tijdens de oorlog bestudeerde Freud het effect van gebrek aan ouderlijke zorg op kinderen. Ze richtte een centrum op voor jonge oorlogsslachtoffers, genaamd "The Hampstead War Nursery". Hier kregen de kinderen pleegzorg, waarbij de moeders werden aangemoedigd zo vaak mogelijk langs te komen.
In 1947 richtten Freud en Kate Friedlaender de Hampstead Child Therapy Courses op. Vijf jaar later kwam daar een kinderkliniek bij. Freud begon lezingen te geven over kinderpsychologie.
Vanaf de jaren 1950 tot het einde van haar leven reisde Freud regelmatig naar de Verenigde Staten om lezingen te geven, les te geven en vrienden te bezoeken. In de jaren 1970 hield zij zich bezig met de problemen van emotioneel achtergestelde en sociaal zwakke kinderen. Aan de Yale Law School gaf zij seminars over misdaad en het gezin.
Freud overleed in Londen op 9 oktober 1982. Zij werd gecremeerd in Golders Green Crematorium en haar as werd bijgezet op een marmeren plank naast de oude Griekse begrafenis urn van haar ouders. Haar levenslange vriendin Dorothy Burlingham en verschillende andere leden van de familie Freud rusten daar ook.
