Sahm stierf aan een myocardinfarct terwijl hij sliep in een motelkamer in Taos, New Mexico, op 18 november 1999. Hij ligt begraven in Sunset Memorial Park in San Antonio.
Een postuum album, The Return of Wayne Douglas, werd uitgebracht in 2000. Sahm's zoon, Shawn, leidt zijn eigen Tex Mex band. Ze stonden op de cover van Rolling Stone in 1968, als vader en zoon. Doug Sahm's andere zoon, Shandon Sahm, is sinds 2010 de drummer van de Meat Puppets.
Sahm is opgenomen in de South Texas Music Walk of Fame. In 2008 werd hij opgenomen in de Austin Music Memorial, in de eerste groep. Hij kreeg ook de Presidents Award van de Americana Music Association (AMA) in 2002.
In 2008 keurde Austin, Texas, de naam Doug Sahm Hill goed, in een park bij Lady Bird Lake, om hem te eren.
In oktober 2012 speelde Steve Earle een eerbetoon aan Sahm op het Hardly Strictly Bluegrass Festival in Golden Gate Park. Zijn groep speelde een aantal van Sahm's Americana songs.
Een documentaire film, Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove, is in première gegaan op het South by Southwest (SXSW) muziekfestival. Dit was in Austin, Texas op 19 maart 2015.