Een zwartwaterrivier is een rivier met een diep, langzaam stromend kanaal dat door beboste moerassen of wetlands stroomt. De kleur wordt veroorzaakt door de rottende vegetatie. Bij het rotten van de vegetatie logen looistoffen in het water, waardoor een doorzichtig, zuur water ontstaat dat donker gekleurd is en eruitziet als thee of koffie.
De meeste rivieren in het Amazonebekken en het zuiden van de Verenigde Staten zijn zwartwaterrivieren. Niet alle donkere rivieren zijn zwartwater in die technische zin. Sommige rivieren in gematigde streken, die afwateren of stromen door gebieden met donkere zwarte grond, zijn zwart door de kleur van de grond. Deze rivieren zijn zwarte modderrivieren of estuaria.
Zwartwaterrivieren hebben een lager nutriëntengehalte dan wildwaterrivieren en een hogere ionconcentratie dan regenwater. De unieke omstandigheden leiden tot een flora en fauna die zowel van die van wildwaterrivieren als van helderwaterrivieren verschillen.
De classificatie van rivieren in het Amazonegebied in zwart, helder en wildwater werd voor het eerst voorgesteld door Alfred Russel Wallace in 1853.
