Everton begon in 1878 met de naam St Domingo's FC. In het begin was het alleen voor mensen die naar de St. Domingo's kerk gingen, maar zoveel mensen waren geïnteresseerd dat ook mensen uit de omgeving lid konden worden. Een jaar later werd de club omgedoopt tot Everton Football Club, naar de streek. De allereerste wedstrijd van Everton Football Club was tegen een team genaamd St Peter's in 1879. Everton won met 6-0.
Everton nam deel aan de FA Cup in het seizoen 1886/87. Ze werden in de eerste ronde met 1-0 verslagen door Rangers. Toen voetbal in Engeland steeds populairder werd, realiseerden de clubs zich dat ze een georganiseerde competitie nodig hadden. In 1888 werd de Football League opgericht. Everton was een van de 12 stichtende leden. Preston North End won de eerste twee competities en Everton won de derde in 1891. Ze wonnen hun tweede trofee ooit, de FA Cup, in 1905 maar wonnen geen andere tot 1916. Het was pas in 1927 dat Everton hun eerste lange periode van succes kende. In 1925 werd Dixie Dean gecontracteerd en in 1927 scoorde hij 60 doelpunten in 39 wedstrijden, waarmee hij een nieuw wereldrecord vestigde en Everton naar een volgende competitietitel bracht. Everton degradeerde naar de tweede divisie in 1930/1931. Binnen een jaar promoveerden ze weer, en de club is sindsdien niet meer gedegradeerd, behalve in 1950/51 (wat resulteerde in drie seizoenen in de tweede divisie). Daarmee zijn ze de Engelse voetbalploeg met de meeste opeenvolgende seizoenen in de hoogste divisie van het Engelse voetbal, afgezien van Arsenal dat sinds 1919/20 onafgebroken in de hoogste divisie heeft gespeeld.
Everton's tweede succesvolle periode kwam na 1961 toen Harry Catterick werd aangesteld als manager. Met Catterick aan het roer won Everton twee competitietitels en vier bekers tussen 1961 en 1970. Dit succes duurde echter niet lang en na drie jaar van lage klasseringen stopte Catterick met zijn baan. De club eindigde in de rest van de jaren 1970 in de middenmoot met een rij van onsuccesvolle managers. In 1981 stelde de club Howard Kendall aan als nieuwe manager. Hij zorgde voor een ommekeer bij Everton en werd uiteindelijk de meest succesvolle manager in de geschiedenis van de club, met het winnen van twee competitietitels en drie bekers tussen 1981 en 1987. Dit tijdperk bracht ook Everton's enige Europese titel, de Cup Winners Cup in 1985. Ze wonnen de finale met 3-1 van Rapid Vienna uit Oostenrijk. In de halve finale versloeg Everton de Duitse kampioen Bayern München met 3-1, een wedstrijd die werd uitgeroepen tot de mooiste aller tijden op Goodison Park.
In 1985 kwamen verschillende Liverpool- en Juventus-fans om het leven toen de menigte begon te vechten in een stadion in Heizel, België. De UEFA besloot dat Liverpool-fans de hoofdschuldigen waren. Hierdoor mochten alle Engelse clubs tot 1991 niet meer tegen Europese ploegen spelen. Hierdoor kreeg Everton niet de kans om hun Europese titel te verdedigen en het team viel geleidelijk uiteen, waarbij veel van hun beste spelers aan andere Europese clubs werden verkocht. De club deed het niet erg goed in de vroege jaren '90, degradeerde bijna twee keer en had veel geldproblemen. Toch werden ze een van de eerste leden van de nieuwe Engelse Premier League toen die in 1992 van start ging. Onder manager Joe Royle, die in 1994 de leiding overnam, waren ze behoorlijk succesvol. In zijn tweede seizoen hield hij Everton uit de degradatie en won de FA cup, de eerste trofee van de club in zeven jaar. De club werd steeds beter onder Royle en eindigde 6e en 7e in de seizoenen 1996 en 1997.
Na twee seizoenen gingen de prestaties van de club echter bergafwaarts en Kendall werd ontslagen nadat hij in het seizoen 1998-99 ternauwernood degradatie had voorkomen. Oud-speler Walter Smith nam het voor drie seizoenen over, maar slaagde er niet in goed te presteren. Hij gaf veel geld uit, maar bracht het team niet naar goede posities in de competitie. David Moyes nam het in 2002 over en is tot nu toe een van de meest succesvolle managers van de club geweest. Onder zijn leiding is de club regelmatig in de top 10 geëindigd. In 2005 eindigde de club op de 4e plaats, de hoogste plaats ooit in de Premier League. De vierde plaats betekende dat ze zich kwalificeerden voor de UEFA Champions League van het volgende seizoen. Hij verliet het team in 2013, na 11 jaar.
Onder zijn leiding kwam Wayne Rooney in het eerste elftal en hij werd al snel verkocht aan Manchester United voor 28 miljoen pond, een clubrecordbedrag. Sinds 2005 eindigde Everton regelmatig in de top 8. In 2007 bereikte het de laatste 16 van de UEFA Cup en in 2009 was het de runner-up in de finale van de FA Cup. In 2008 brak Moyes opnieuw het transferrecord met de komst van Marouane Fellaini.
Aan het einde van het seizoen 2012-13 verliet Moyes de club voor Manchester United. Hij werd vervangen door Roberto Martínez. Hij leidde Everton naar de halve finales van de EFL Cup en de FA Cup in 2015-16. Hij werd ontslagen met nog twee wedstrijden te gaan in het seizoen vanwege slechte prestaties.
Hij werd in de zomer van 2016 vervangen door Ronald Koeman. In zijn eerste seizoen bij de club loodste hij hen naar de groepsfasen van de Europa League, na 7e te zijn geworden in het vorige Premier League-seizoen. Hij werd het seizoen daarop ontslagen nadat hij de club in de degradatiezone had achtergelaten.
