De geografie van Colombia kent zes belangrijke natuurgebieden, die elk hun eigen unieke kenmerken hebben. Het Andesgebergte grenst aan Ecuador en Venezuela. De kustregio aan de Stille Oceaan grenst aan Panama en Ecuador. Het Caribische kustgebied grenst aan Venezuela en Panama. De Llanos (vlakten) grenzen aan Venezuela. Het Amazonegebied grenst aan Venezuela, Brazilië, Peru en Ecuador. Het eilandgebied omvat alle eilanden van het land.
De belangrijkste rivieren van Colombia zijn Magdalena, Cauca, Guaviare, Atrato, Meta, Putumayo en Caquetá. Colombia heeft vier belangrijke afwateringssystemen: de Pacifische afwatering, de Caribische afwatering, het Orinocobekken en het Amazonebekken.
Het grootste deel van de bevolking woont in het Andesgebied. Maar de vlakten vormen meer dan de helft van het land. Slechts ongeveer 6% van de bevolking woont in de vlaktes. De bergketen Sierra Nevada de Santa Marta omvat de hoogste toppen van het land (Pico Cristóbal Colón en Pico Simón Bolívar).
Klimaat
De temperatuur in Colombia verandert met de hoogte, en de temperatuur verschilt per regio. De gebieden rond de Andes zijn kouder dan de lager gelegen kust.
Door de vele hoogtes heeft Colombia veel verschillende soorten fruit, groenten en dieren. Het heeft veel valleien, stranden, vlaktes, bergen en bossen zoals het Amazonewoud.
De top van sommige bergen in Colombia is zo koud dat men er over de evenaar kan skiën. De lagere bergen hebben een warmer klimaat. De zeekusten worden gekoeld door zeewind. Op zeeniveau bij de evenaar is het heet.
Rivieren zijn belangrijk als waterwegen in het land om dingen te verschepen. Een van de belangrijkste rivieren in Colombia is de Magdalena-Cauca. De Magdelena rivier verdeelt de oostelijke en centrale bergen. Zij vormt een vruchtbare vallei. De Cauca-rivier verdeelt het middelste gebergte en de westelijke bergrug, waardoor een andere grote vallei ontstaat. De Cauca is eigenlijk een deel van de Magdalena. De twee ontmoeten elkaar echter pas enkele kilometers voordat de Magdalena in de Caribische Zee uitmondt.
Biodiversiteit
Colombia is een land met een grote biodiversiteit. Dit betekent dat het land een meerderheid van de soorten op aarde herbergt. Er is ook een groot aantal endemische soorten.
Colombia telt 1.900 vogelsoorten, meer dan enig ander land. Er zijn ongeveer 2.000 soorten zeevissen. Het is het tweede meest diverse land op het gebied van zoetwatervissen. Wat planten betreft, heeft het land tussen de 40.000 en 45.000 soorten. Colombia staat op de tweede plaats wat betreft het aantal amfibiesoorten en op de derde plaats wat betreft reptielen. Er zijn ongeveer 2.900 soorten weekdieren en ongeveer 300.000 soorten ongewervelde dieren.