Bij de volkstelling van 2000 woonden er 49.832 mensen, 21.294 huishoudens en 15.672 gezinnen in het graafschap. De bevolkingsdichtheid bedroeg 103 mensen per vierkante mijl (40/km²). Er waren 24.452 wooneenheden met een gemiddelde dichtheid van 50 per vierkante mijl (19/km²). De rassen samenstelling van de county was 87.27% blank, 8.83% zwart of Afro-Amerikaans, 0.27% inheems Amerikaans, 1.17% Aziatisch, 0.02% Pacific Islander, 0.96% van andere rassen, en 1.47% van twee of meer rassen. 5,09% van de bevolking was Hispanic of Latino van welk ras dan ook. 90,1% sprak Engels, 5,0% Spaans en 1,2% Duits als hun eerste taal.
1,8% van de bevolking gaf aan van niet-Hispanic West-Indische afkomst te zijn.
In 2000 waren er 21.294 huishoudens, waarvan 21,10% met inwonende kinderen onder de 18 jaar, 62,80% met samenwonende echtparen, 8,10% met een vrouwelijke huisbewoner zonder echtgenoot en 26,40% zonder verwantschap. 21,60% van alle huishoudens bestond uit alleenstaanden en 12,00% had iemand die 65 jaar of ouder was. De gemiddelde grootte van het huishouden was 2,32 en de gemiddelde gezinsgrootte was 2,67.
In de provincie was de bevolking gespreid: 17,90% was jonger dan 18 jaar, 4,80% tussen 18 en 24 jaar, 20,30% tussen 25 en 44 jaar, 28,30% tussen 45 en 64 jaar, en 28,60% was 65 jaar of ouder. De mediane leeftijd was 50 jaar. Voor elke 100 vrouwen waren er 92,10 mannen. Voor elke 100 vrouwen van 18 jaar en ouder waren er 89,90 mannen.
Het mediane inkomen voor een huishouden in de provincie was $ 40.214, en het mediane inkomen voor een gezin was $ 45.625. Mannen hadden een mediaan inkomen van $31.184 tegenover $24.865 voor vrouwen. Het inkomen per hoofd van de bevolking bedroeg 21.879 dollar. Ongeveer 6,70% van de gezinnen en 8,70% van de bevolking leefde onder de armoedegrens, waaronder 15,70% van de mensen onder de 18 jaar en 4,40% van de mensen van 65 jaar of ouder.
Flagler county werd door het US Census Bureau van 2000 tot 2005 gerangschikt als de snelst groeiende county in de natie, met een verandering van 53,3%, met een bevolking die op 1 juli 2005 werd geschat op 76.410.
