Metal Gear Solid 3: Snake Eater is het vijfde spel voor de Metal Gear-serie. Het voegde veel nieuwe gameplay features toe aan de serie. Het was het eerste spel waarin camouflage in de omgeving werd gebruikt. Het is het prequel spel voor de tijdlijn en het eerste spel, dat Big Boss introduceert, Solid Snake's voormalige commandant, vijand en vader.
Metal Gear Solid 3
Plot
In 1964 stuurt de CIA Big Boss, die toen Naked Snake heette, naar een geheime Sovjet-luchtmachtbasis in Pakistan. Hij wordt gestuurd om Sokolov te redden. Sokolov is een Sovjet wetenschapper die de Sovjet Unie verliet met zijn vrouw en dochter. De Verenigde Staten stuurden hem terug naar de USSR omdat de VS wilde dat de USSR nucleaire raketten uit Cuba zou halen tijdens de Cubaanse Raketcrisis. Hij wordt dan gedwongen een geheim wapen te bouwen dat de Shagohod heet. Dit is een tank die nucleaire raketten kan afvuren op plaatsen waar dat anders moeilijk kan. De bouw van dit wapen wordt overzien door Volgin. Hij is een Sovjet-officier die zowel de KGB als de Westerse wereld wil vernietigen. Naked Snake voltooit bijna zijn missie totdat zijn mentor, the Boss, hem verraadt. Zij doet dit door van kant te veranderen van de Verenigde Staten naar de Sovjet-Unie. Nadat de missie mislukt, wordt hij teruggebracht naar Amerika.
Een week later wordt hij teruggestuurd naar dezelfde Sovjetbasis voor een nieuwe missie, Operation Snake Eater. Hij moet vier taken volbrengen, Sokolov redden, de Shagohod vernietigen, de Boss en de Cobra-eenheid, een team van bovennatuurlijke soldaten, doden en Volgin doden.