De eerste schepen van de USSR arriveerden op 25 oktober bij de blokkade en werden door de Amerikaanse marine verhinderd Cuba te bereiken.
Nikita Chroesjtsjov stuurde op 26 oktober een brief aan Kennedy. Kennedy's adviseurs zeiden dat de brief eruit zag alsof hij was geschreven door Chroesjtsjov zelf en niet door zijn officiële schrijvers, die hem normaal gesproken zouden schrijven. Ze zeiden ook dat hij geschreven leek door een man die onder stress stond. In een artikel genaamd "Veertig jaar na 13 dagen" citeerde Robert McNamara een deel van de brief van Chroesjtsjov:
| " | Iedereen heeft vrede nodig; zowel kapitalisten, als ze hun verstand niet verloren hebben, en nog meer, communisten.
Oorlog is onze vijand en een ramp voor alle mensen.
Mocht er inderdaad oorlog uitbreken, dan ligt het niet in onze macht om die te stoppen, want dat is de logica van oorlog. Ik heb deelgenomen aan twee oorlogen en ik weet dat oorlog pas eindigt als hij door steden en dorpen is gerold, overal dood en verderf zaaiend.
Ik zou willen dat u het ermee eens bent dat men niet mag toegeven aan de druk; het is noodzakelijk deze te beheersen.
Als mensen geen wijsheid aan de dag leggen, zullen ze uiteindelijk als blinde mollen op elkaar botsen, en dan zal de wederzijdse uitroeiing beginnen.
Als u uw zelfbeheersing niet hebt verloren, mijnheer de Voorzitter, moeten wij en u nu niet trekken aan het uiteinde van een touw waarin u de knoop van de oorlog hebt gelegd, want hoe meer wij beiden trekken, hoe strakker de knoop zal worden gelegd. En er kan een moment komen waarop die knoop zo strak wordt aangetrokken dat zelfs hij die hem heeft gelegd niet de kracht heeft om hem los te maken. En dan zal het nodig zijn die knoop door te hakken.
En wat dat zal betekenen hoef ik u niet uit te leggen, want u begrijpt zelf perfect over welke verschrikkelijke krachten onze landen beschikken. Laten we de krachten die aan het uiteinde van het touw trekken niet alleen ontspannen; laten we middelen inzetten om de knoop los te maken. Wij zijn er klaar voor. | " |
| -Nikita Chroesjtsjov |
Chroesjtsjov zei dat hij de raketinstallaties zou verwijderen als president Kennedy beloofde Cuba niet binnen te vallen. Een invasie van Cuba zou Chroesjtsjov in een kwaad daglicht stellen en zou ook tot een kernoorlog kunnen leiden. Dit was de reactie die Kennedy wilde.
De volgende dag werd een tweede brief vanuit Rusland naar Kennedy gestuurd. Deze zag er officiëler uit dan de eerste. Er stond ook in dat de VS hun kernraketten uit Turkije moesten halen als ze wilden dat Rusland zijn raketten uit Cuba haalde. Dit zou een eerlijke ruil zijn geweest omdat de Amerikaanse raketten in Turkije dicht genoeg bij Rusland stonden om de meeste belangrijke steden te bereiken en Cuba dicht genoeg bij de VS stond om de Russische raketten de meeste belangrijke steden in de VS te laten bereiken. Het probleem voor Kennedy was dat hij niet publiekelijk kon instemmen met de verwijdering van de VS-raketten uit Turkije omdat Turkije dan niet beschermd zou zijn en niet blij zou zijn.
Een ander probleem was dat Kennedy en zijn adviseurs niet wisten of Chroesjtsjov nog aan de macht was. Zij dachten dat iemand in de Russische regering Chroesjtsjov misschien ten val had gebracht. Zij dachten dit omdat de tweede brief zoveel verschilde van de eerste. Kennedy besloot een geheime boodschap naar Chroesjtsjov te sturen waarin stond dat ze de raketten binnen een paar maanden uit Turkije zouden verwijderen, zolang ze het publiek er niet over zouden vertellen. Kennedy stuurde vervolgens een officiële brief aan Chroesjtsjov waarin hij instemde met de voorwaarden van de eerste brief en geen melding maakte van de tweede.
Chroesjtsjov stemde in met de geheime boodschap.
Op 1 november werden de raketplaatsen verwijderd en waren de problemen voorbij.
De doelstellingen van Chroesjtsjov in de crisis hadden verschillende resultaten:
- Een communistisch land stond dichter bij de Verenigde Staten. Cuba kwam als communistisch land uit de crisis.
- Kennedy werd in de crisis geduwd. Uiteindelijk was zijn verlangen naar vrede belangrijk voor het beëindigen van de crisis.
- De raketsites in Turkije werden verwijderd, maar niet op de manier die Chroesjtsjov had gewild.
De Verenigde Staten zagen Kennedy als de held die het communisme had bestreden en gewonnen.
