De prefectuur Shimane (島根県, Shimane-ken) is een Japanse prefectuur in de Chūgoku-regio van het eiland Honshu. De hoofdstad is de stad Matsue. Het heeft de op een na kleinste bevolking van alle prefecturen in Japan.
De Shimane prefectuur maakt deel uit van het San'in gebied. San'in betekent "de schaduwzijde van de bergen". Er is een bergketen die Shimane en het naburige Tottori scheidt van Hiroshima en Okayama. Dat betekent dat het weer hier veel natter is dan verder naar het zuiden.
Het gebied van de prefectuur Shimane omvat de oude provincies Iwami Province, Izumo Province, en Oki Province.
De geschiedenis van Shimane begint met de Japanse mythologie. In deze mythen leefde de Shinto god Ōkuninushi in Izumo, een oude provincie in Shimane. Izumo Shrine eert deze god.
Later in de Kamakura periode dwong het Kamakura Shogunaat Keizer Gotoba en Keizer Godaigo in ballingschap te gaan op het eiland Oki. Keizer Godaigo ontsnapte van Oki en vocht met succes terug tegen het shogunaat.
Tijdens de Muromachi periode vochten veel clans om dit gebied omdat er veel zilver was. De Kyogoku-clan beheerste Izumo en Oki. Na de Ōnin-oorlog nam de macht van de Amago-clan in het kasteel Gassan-Toda echter toe, en de Masuda-clan controleerde Iwami. De Iwami Ginzan Zilvermijn lag tussen het territorium van de Amago clan en dat van de Masuda clan, zodat er veel gevechten tussen deze heren plaatsvonden om de grote hoeveelheid zilver. In 1566 veroverde Mori Motonari echter Izumo, Iwami en Oki. Na meer dan 30 jaar Mori-heerschappij kwam Horio Yoshiharu in 1600 Izumo en Oki binnen na de Slag bij Sekigahara die Mori verloor. Horio Yoshiharu besloot te verhuizen en het kasteel van Matsue te bouwen in plaats van Gassan-Toda. Het kasteel werd kort na Yoshiharu's dood voltooid. Later, in 1638, betrad de kleinzoon van Tokugawa Ieyasu, Matsudaira Naomasa, het kasteel omdat de Horio clan geen erfgenaam had. De familie van Matsudaira regeerde tot het einde van het Han-systeem.
Het Iwamigebied was verdeeld in 3 clans. Het mijndistrict stond onder directe controle van het shogunaat. De Hamada clan en de Tsuwano clan controleerden elk hun eigen gebied. Iwami Ginzan produceerde zilver en was aan het begin van de 17e eeuw een van de grootste zilvermijnen van het land. De Hamada clan stond tijdens de Meiji Restauratie aan de kant van het shogunaat en het kasteel werd in brand gestoken. De Tsuwano clan, ondanks de Matsudaira (verwant van de shogun) heerschappij was aan de kant van de keizer in de restauratie.
Shimane grenst in het noorden aan de Zee van Japan. In het zuidoosten grenst het aan de prefectuur Tottori, de prefectuur Hiroshima en de prefectuur Yamaguchi.
Nationale parken zijn aangelegd in ongeveer 6% van het totale landoppervlak van de prefectuur.
Izumo taisha, Mononobe jijnja, Mizuwakasu jinja en Yurahime jinja zijn de belangrijkste Shinto heiligdommen (ichinomiya) in de prefectuur.