Structureel isomerisme (IUPAC noemt dit constitutioneel isomerisme) is een vorm van isomerisme. Twee chemische stoffen in dit isomerisme hebben dezelfde molecuulformule, maar de moleculen zijn in verschillende volgordes aan elkaar gebonden. Het tegenovergestelde van structureel isomerisme is stereoisomerisme. Er zijn veel woorden die staan voor structurele isomeren.

Er zijn drie soorten constitutionele isomeren. Dat zijn skeletisomeren, positie-isomeren en functionele isomeren. Positie-isomeren worden ook wel regio-isomeren genoemd. Tautomers zijn ook een soort functionele isomeren.