Er wordt een onderscheid gemaakt tussen taxonomie en systematiek. Systematiek houdt zich bezig met hoe groepen zich tot elkaar verhouden. Taxonomie houdt zich bezig met het maken van groepen (taxa), het bepalen wat bij elkaar hoort. Taxonomie wordt ook wel classificatie genoemd.
Een speciaal onderdeel van de taxonomie is de nomenclatuur. Deze bestaat uit regels over welke namen gebruikt moeten worden. Een taxonoom beslist dus eerst wat wel en wat niet in een groep thuishoort, en beslist dan aan de hand van de nomenclatuur welke naam deze groep moet krijgen. Als een groep groter of groter wordt gemaakt, kan ze een andere naam krijgen. Anderzijds kan dezelfde naam verwijzen naar een groter taxon (volgens een bepaalde taxonoom) of naar een kleiner taxon (volgens een andere taxonoom). Dit betekent dat wetenschappelijke namen niet gegarandeerd stabiel zijn. De meeste namen zijn stabiel, maar voor sommige taxa is er geen overeenstemming over de naam, omdat taxonomen het er niet over eens zijn wat wel en wat niet bij elkaar hoort.
Een taxonoom kan zelf beslissen welke wetenschappelijke redenen hij aanneemt om een groep (een taxon) te maken. Als hij niet overtuigend is in zijn keuze, zullen andere taxonomen het niet met hem eens zijn, en zij zullen dan andere afspraken maken. Tegenwoordig wordt biologische classificatie meestal verondersteld te gebeuren op basis van evolutionaire (fylogenetische) verwantschappen, voor zover die bekend zijn.
