De Universiteit van Kansas begon in 1898, na de komst van Naismith, met een mannenbasketbalprogramma. Dit was slechts zes jaar nadat Naismith het spel had uitgevonden. Naismith was werkzaam als kapelmeester en instructeur lichamelijke opvoeding. In deze vroege dagen werden de meeste basketbalwedstrijden gespeeld tegen nabijgelegen YMCA-teams. De YMCA's in het hele land speelden een zeer belangrijke rol in het ontstaan van het basketbal. Andere gemeenschappelijke tegenstanders waren Haskell Indian Nations University en William Jewell College. Met Naismith als coach speelde het team slechts drie huidige Big 12 scholen: Nebraska (zes keer), Missouri (twee keer) en Kansas State (één keer). Naismith was, ironisch genoeg, de enige coach in de geschiedenis van het programma die een verliezend record had (55-60). Naismith coachte echter Forrest "Phog" Allen, die het stokje overnam als coach bij Kansas. Allen werd ook toegevoegd aan de Basketbal Hall of Fame. Toen Allen zelf coach werd en hem vertelde dat hij in 1904 basketbal ging trainen op de Baker University, zei Naismith tegen hem: "Je kunt geen basketbal coachen, je speelt het gewoon." Allen begon een coachingcarrière die hem bekend zou maken als 'de vader van de basketbalcoach'. Tijdens zijn tijd in Kansas, coachte Allen Dean Smith (1952 Nationaal Kampioenschapsteam) en Adolph Rupp (1922 Helms Foundation Nationaal Kampioenschapsteam). Toen Dean Smith met pensioen ging als hoofdbasketbalcoach bij North Carolina had hij de meeste overwinningen in de universiteitsbasketbalgeschiedenis, tweede was Adolph Rupp (Kentucky) en derde was Allen. De drie coaches hebben zich aangesloten bij Naismith als leden van de Basketbal Hall of Fame.
Rond de eeuwwisseling waren er in het oosten van de V.S. genoeg college-teams dat de eerste wedstrijden tussen verschillende colleges konden worden gespeeld. Hoewel zijn sport voortdurend groeide, beschouwde Naismith zijn spel lang als een curiositeit en gaf hij de voorkeur aan gymnastiek en worstelen als betere vormen van lichamelijke opvoeding. Maar basketbal werd een demonstratiesport op de Spelen van 1904 in St. Louis, USA. Zoals de Basketball Hall of Fame meldt, was Naismith niet geïnteresseerd in zelfpromotie of in de glorie van de wedstrijdsport. In plaats daarvan was hij meer geïnteresseerd in zijn carrière in de lichamelijke opvoeding, ontving hij in 1910 een eredoctoraatsdiploma PE, patrouilleerde hij in 1916 tijdens de Eerste Wereldoorlog vier maanden aan de Mexicaanse grens, reisde hij naar Frankrijk, publiceerde hij twee boeken ("A Modern College" in 1911 en "Essence of a Healthy Life" in 1918) en werd hij Amerikaans staatsburger in 1925.
In 1935 zamelde de Nationale Vereniging van Basketbalcoaches (opgericht door Naismith's leerling Phog Allen) geld in zodat de 74-jarige Naismith getuige kon zijn van de introductie van basketbal in het officiële Olympische sportprogramma van de Olympische Zomerspelen van 1936. Daar deelde Naismith de medailles uit aan drie Noord-Amerikaanse teams; de Verenigde Staten, voor de gouden medaille, Canada, voor de zilveren medaille, en Mexico, voor hun bronzen medaille te winnen. Tijdens de Olympische Spelen werd hij benoemd tot Erevoorzitter van de Internationale Basketbalbond. Toen Naismith terugkwam, merkte hij op dat het zien van het spel gespeeld door vele landen de grootste compensatie was die hij voor zijn uitvinding had kunnen krijgen. In 1937 speelde Naismith een rol in de vorming van de Nationale Bond van het Intercollegiale Basketbal, die later de Nationale Bond van de Intercollegiale Atletiek (NAIA) werd.
In zijn latere jaren werd Naismith professor emeritus in Kansas en ging hij in 1937 op 76-jarige leeftijd met pensioen. Met inbegrip van zijn jaren als coach, Naismith diende als atletisch directeur en faculteit aan de school voor een totaal van bijna 40 jaar. Naismith stierf in 1939 nadat hij een fatale hersenbloeding had gehad en werd begraven in Lawrence, Kansas. Postuum werd zijn meesterwerk "Basketbal - zijn oorsprong en ontwikkeling" in 1941 gepubliceerd. In Lawrence, Kansas, heeft James Naismith een weg genaamd ter zijner ere, Naismith Drive, die loopt voor Allen Fieldhouse (het officiële adres van Allen Fieldhouse is 1700 Naismith Drive), Kansas University's basketbal arena. Het is een gescheiden, vierbaansweg die ten noorden en ten zuiden van University Drive naar het einde loopt bij de 24e straat, net ten zuiden van de KU-campus. De universiteit noemde ook het hof in Allen Fieldhouse, James Naismith Court ter zijner ere. Naismith Hall, een studentenhuis, ligt aan de noordoostelijke rand van 19th Street en Naismith Drive.