Tijdens Jeanne's leven was de godsdienst in Frankrijk een strijdtoneel tussen de katholieke kerk en het protestantse calvinisme van de hugenoten.
Op godsdienstig gebied werd Jeanne beïnvloed door haar moeder, in de richting van religieuze hervorming, humanistisch denken, en individuele vrijheid. Jeanne bekeerde zich tot het calvinisme op eerste kerstdag 1560. Deze bekering maakte haar de hoogstgeplaatste protestante in Frankrijk.
Na de oplegging van het calvinisme in haar koninkrijk werden priesters en nonnen verbannen, katholieke kerken vernietigd en katholieke rituelen verboden. Zij gaf opdracht tot de vertaling van het Nieuwe Testament in het Baskisch en het Béarnese ten behoeve van haar onderdanen.
Ze werd beschreven als "klein van gestalte, frêle maar rechtopstaand". Ze was zeer intelligent, maar streng en zelfingenomen. Agrippa d'Aubigné, de hugenootse kroniekschrijver, beschreef Jeanne als iemand met "een geest die krachtig genoeg was om de hoogste zaken te leiden".
Naast haar religieuze hervormingen, werkte Jeanne aan de reorganisatie van haar koninkrijk; zij voerde langdurige hervormingen door in de economische en gerechtelijke systemen van haar domeinen.
Jeanne stierf in Parijs aan koorts (waarschijnlijk een besmettelijke ziekte) op de leeftijd van 44 jaar.