Hij werd als enige kandidaat zonder enige wedstrijd verkozen en werd op 3 december 1976 president van Ierland.
Na 1982 dachten de mensen dat hij een zeer goede en eerlijke president was. Voor die tijd was hij afgeschreven als saai en duf. In 1982 verloor de Taoiseach, Garret FitzGerald van Fine Gael, een stemming in de Dáil Eireann. Dr. Fitzgerald vroeg om algemene verkiezingen. Als voorzitter hoefde hij daar niet mee in te stemmen, en Dr. Fitzgerald had moeten aftreden. Dit betekende dat de Dáil Éireann Charles Haughey tot Taoiseach zou kunnen kiezen. Hillery vond dat nieuwe verkiezingen het beste waren, maar veel mensen uit de eigen partij van de president probeerden hem van het tegendeel te overtuigen.
President Hillery weigerde met politici van de oppositiepartijen te spreken, maar toen Charles Haughey, de leider van de oppositie, het kantoor van de president had gebeld, dreigde hij de carrière van de legerofficier die antwoordde te beëindigen en weigerde hij op uitdrukkelijk bevel van Hillery het telefoontje aan de president door te verbinden. Hillery belde de volgende dag met de stafchef van het Ierse leger en had als opperbevelhebber van het leger de stafchef opgedragen ervoor te zorgen dat geen enkele politicus zich ooit zou bemoeien met de carrière van de jonge legerofficier.
In 1983 werd Hillery opnieuw verkozen zonder tegenstem. Hillery verliet zijn ambt in 1990 (hij had de maximale twee termijnen gediend), alom geprezen voor zijn integriteit, eerlijkheid en plichtsbesef. Hij kwam echter weer in het openbare leven in 2002 tijdens het tweede referendum over het Verdrag van Nice, toen hij aandrong op een ja-stem. Het referendum werd gewonnen.