Kapucijners zijn de intelligentste apen van de Nieuwe Wereld. De kapucijner gebruikt gereedschap op dezelfde manier als chimpansees. Het is een van de weinige voorbeelden van werktuiggebruik door primaten anders dan door apen.
Als ze ara's palmnoten zien eten, die ze met hun snavel openbreken, kiezen kapucijners een paar van de rijpste vruchten uit. Ze snijden het topje van de vrucht af en drinken het sap op, waarna ze de rest van de vrucht met de noot erin schijnbaar weggooien. Als deze weggegooide vruchten hard en broos zijn, verzamelen de kapucijners ze. Dan brengen ze ze naar een groot plat rotsblok waar ze al een paar stenen uit een rivier hebben liggen. Met deze stenen kraken ze de vrucht open om bij de noot binnenin te komen. Jonge kapucijners bekijken dit proces om te leren van de meer ervaren volwassenen. Het kan een kapucijnaap tot 8 jaar kosten om deze vaardigheid onder de knie te krijgen.
Tijdens het muggenseizoen pletten ze miljoenpoten en wrijven het resultaat op hun rug. Dit werkt als een natuurlijk insectenwerend middel.
Volgens een experiment kunnen zij onderscheid maken tussen zien en weten, maar dit wordt niet helemaal geaccepteerd.
Relatie met mensen
Kapucijnapen kunnen worden herkend als de "orgeldraaier" of "greyhound jockey" apen. Kapucijners worden soms gehouden als exotische huisdieren. Soms plunderen ze velden en gewassen en worden ze als lastig gezien door de nabijgelegen menselijke bevolking. In sommige streken zijn ze zeldzaam geworden door de vernietiging van hun leefgebied.
Ze worden ook gebruikt als hulpdieren en worden soms "de butlers van de natuur" genoemd. Sommige organisaties trainen kapucijnaapjes om viervoetigen bij te staan als apenhelpers op een manier die vergelijkbaar is met mobiliteitshonden. Nadat ze als baby in een mensenhuis zijn gesocialiseerd, ondergaan de apen een uitgebreide training voordat ze bij een quadriplegist worden geplaatst. In huis helpen de apen met taken als het in de magnetron zetten van voedsel, het wassen van het gezicht van de viervoeter en het openen van drankflessen.
Kapucijnaapjes komen het meest voor in de films Outbreak, Pirates of the Caribbean: The Curse of the Black Pearl (en de vervolgen daarop), Zookeeper, George of the Jungle, en The Hangover Part II. Ross Geller (David Schwimmer) in de NBC sitcom Friends had een kapucijnaapje genaamd Marcel. Crystal the Monkey is de beroemde apenactrice.