Een enterotype is een classificatie van de darmflora. Het is gebaseerd op het ecosysteem in het menselijke darmstelsel. De classificatie gebeurt door het identificeren van de bacteriën en protisten die er leven. Dit wordt het "menselijke darmbiome" genoemd.
Onderzoek toont aan dat er drie verschillende ecosystemen in de darmen van mensen zijn. Mensen kunnen in drie groepen worden ingedeeld op basis van de bacteriën in hun darmen. Het enterotype van elke persoon wordt vastgesteld wanneer de persoon een zuigeling is.
Het enterotype beïnvloedt hoe goed een persoon voedsel kan verteren of medicijnen kan absorberen. Chimpansees hebben enterotypen die lijken op menselijke enterotypen.
Type 1 heeft een hoog gehalte aan Bacteroides. Prevotella komt veel voor in Type 2. Type 3 heeft een hoog gehalte aan Ruminococcus.