Op 30 juni vroegen de Onsterfelijke Zeven in het geheim aan Willem, die met Mary in de Nederlanden was, om met een leger naar Engeland te komen. Willem, die jaloers was op Mary's positie en macht, wilde aanvankelijk niet gaan. Maar Mary vertelde Willem dat ze niets gaf om politieke macht. Ze zei dat ze slechts zijn echtgenote zou zijn en dat ze alles zou doen wat in haar macht lag om hem koning voor het leven te maken.
William stemde in met de aanval. Hij verklaarde dat James' pasgeboren zoon de "voorgewende Prins van Wales" was. Hij gaf ook een lijst van wat het Engelse volk wilde, en zei dat hij alleen "een vrij en wettig parlement bijeen wilde hebben". Het Nederlandse leger, dat in oktober door een storm was teruggedrongen, landde op 5 november. Het Engelse leger en de marine gingen over naar Willem. Op dit moment was het vertrouwen van het Engelse volk in Jacobus zeer gering. Ze probeerden niet eens hun koning te redden. Op 11 december probeerde de koning te vluchten, maar dat mislukte. Hij probeerde opnieuw te vluchten op 23 december. Deze tweede poging was succesvol, en James ontsnapte naar Frankrijk. Hij leefde daar in ballingschap tot aan zijn dood.
Hoewel Mary verdrietig was vanwege de afzetting van haar vader, beval William haar er blij uit te zien toen ze in Londen aankwamen. Hierdoor dachten de mensen dat ze kil was tegen haar vader. James dacht ook dat zijn dochter hem ontrouw was. Dit kwetste Mary diep.
In 1689 kwam een door de Prins van Oranje bijeengeroepen Parlement van de Conventie bijeen om te bespreken wat zij moesten doen. Willem van Oranje voelde zich ongemakkelijk bij zijn positie. Hij wilde regeren als koning, niet alleen als echtgenoot van een koningin. Het enige voorbeeld van een gezamenlijke monarchie dateert uit de zestiende eeuw. Het ging om koningin Mary I en de Spaanse prins Filips. Toen zij trouwden, werd overeengekomen dat prins Filips de titel van koning zou dragen. Maar Filips II was alleen koning tijdens het leven van zijn vrouw. Hij had ook niet veel macht. Willem wilde koning blijven, ook na de dood van zijn vrouw. Sommige belangrijke mensen stelden voor om Maria de enige heerser te maken. Maar Maria, die trouw was aan haar man, weigerde.