De bliksemdief
Annabeth verschijnt voor het eerst in De bliksemdief en is twaalf jaar oud. Ze kreeg de bijnaam "Wijs Meisje" van Clarisse, in een scheldpartij. De naam was bedoeld als een belediging, maar nu is het een liefkozende koosnaam.
Ze ontmoet Percy Jackson voor het eerst nadat hij is aangevallen door de Minotaurus en op weg is naar Half-Blood Hill. Toen hij haar voor het eerst zag, beschreef Percy Annabeth als "mooi" met blond haar gekruld "als een prinses" Nadat Percy is genezen van de aanval van de Minotaurus, hoort Annabeth dat hij op een queeste (zoektocht) gaat en ze wil mee, omdat ze denkt dat Percy "de ware" is uit De Grote Profetie. Samen gaan zij, Percy en Grover op zoek naar de gestolen bliksemschicht van Zeus. Gedurende het hele boek toont Annabeth haar unieke intelligentie, die zij van haar moeder heeft geërfd, en ook haar arachnofobie (angst voor spinnen) die zij deelt met al haar broers en zussen van moederskant (afkomstig uit het verhaal van Arachne en Athena).
De zee van monsters
Annabeth, Percy en Tyson, die niet mee mogen op de zoektocht naar het Gulden Vlies om Thalia's Dennenboom te redden en Grover te vinden door de tijdelijke vervanger van Chiron, sluipen weg uit Kamp Halfbloed om dat wel te doen. Gedurende het boek wordt onthuld dat Annabeth's grootste droom is om de hele wereld opnieuw te ontwerpen om deze te verbeteren, Luke te redden (van zichzelf) en geaccepteerd te worden door haar moeder en vader. Nadat ze is gestrand op het eiland van de koningin-heks Circe, redt Annabeth Percy nadat hij is veranderd in een cavia met behulp van de multivitaminen die ze van Hermes heeft gekregen. Tijdens het gevecht met Polyphemus doet Annabeth (terwijl ze onzichtbaar is met behulp van haar Yankee's Cap) alsof ze Niemand is en leidt hem lang genoeg af zodat Percy hem kan verslaan. Annabeth raakt tijdens het gevecht dodelijk gewond, maar wordt genezen met behulp van het Gulden Vlies.
De vloek van de Titaan
Annabeth wordt samen met de godin Artemis ontvoerd en moet worden gered door Percy, Thalia, Grover en de jagers Zoë Nightshade en Bianca di Angelo. In een droom die Percy heeft, is Annabeth op een berg, en ze ziet Luke een zwart dak omhoog houden (onbekend voor Percy, het is de hemel). Annabeth helpt hem het vast te houden, en dan glipt Luke eronder vandaan, waardoor Annabeth het vasthoudt. Dit wordt later gebruikt om Artemis te verleiden de hemel vast te houden, omdat Artemis het niet zou kunnen laten om een meisje te helpen. In tegenstelling tot de andere boeken is de rol van Annabeth vrij klein. In dit boek wordt gehint op een romantische toekomst voor haar en Percy. Aphrodite, de godin van de liefde, overtuigt ook Percy van zijn gevoelens voor Annabeth, hoewel ze het hen ook nog moeilijker maakt om verliefd te worden. Uiteindelijk redt Percy zowel Annabeth als Artemis, terwijl Thalia tegen Luke vecht totdat hij van een klif valt.
De slag om het labyrint
In dit boek is Annabeth veertien. Percy en Annabeth vinden een ingang in het Labyrint. Ze beseft dat Luke misschien probeert deze ingang te gebruiken om het Kamp binnen te vallen.
Annabeth leidt de zoektocht naar het Labyrint en vervult daarmee een van haar ambities. Ze gaat het Labyrint in met Percy, Grover en Tyson om een manier te vinden om de kwade krachten van Kronos te stoppen bij de grenzen van Kamp Halfbloed, door de uitvinder van het Labyrint, Daedalus, te zoeken. De profetie die het Orakel haar gaf lijkt haar bang te hebben gemaakt en ze weigert de laatste regel te zeggen. Als ze het Labyrint ingaan, krijgen ze te maken met veel ontberingen. Annabeth wordt geconfronteerd met een Sfinx en vindt de raadsels (die eigenlijk feitelijke vragen zijn) niet uitdagend en een belediging voor haar intellect. Ze ontsnappen aan de klauwen van de Sfinx en gaan verder om Hephaestus te vinden, zodat hij hen kan vertellen waar ze Daedalus kunnen vinden.
Als ze naar de smederij van Hephaestus in Mount St. Helens gaan, vinden ze daar telekijnen die een wapen voor Kronos maken. Percy zegt Annabeth te ontsnappen nu het nog kan. Ze kust hem voor geluk en ze gaan uit elkaar. Annabeth gelooft dat hij sterft als Mount St. Helens uitbarst, maar dat is niet het geval. Percy valt op het eiland Ogygia, de gevangenis van de nimf Calypso, een dochter van Atlas. Wanneer Percy terugkomt in het kamp, is Annabeth een begrafenisritueel voor hem aan het uitvoeren. Als ze hem opmerkt, omhelst ze hem en maakt een scène. Als ze echter te weten komt over Calypso, is ze erg jaloers. Percy vraagt dan een sterfelijk meisje, Rachel Elizabeth Dare, om hen te helpen op hun weg door het Labyrint (Rachel heeft een zeldzame gave om door de Mist te kijken). Annabeth wordt erg jaloers op de toenadering tussen Percy en Rachel. De drie ontdekken Luke, die het schip van Kronos is geworden. Na een gevecht wordt Luke teruggedrongen in het Labyrint, waarbij twee slachtoffers vallen. Annabeth weigert te geloven dat Luke alleen maar slecht is, en wordt behoorlijk kwaad op Percy omdat hij het tegendeel beweert.
Nadat ze hun missie hebben volbracht, staan Annabeth en Percy op Half-Blood Hill, en stemmen hun doelen af op de profetie, Annabeth onthult de laatste regel van haar profetie, "To lose a love to worse than death" en is verward, niet zeker over haar gevoelens voor Luke, of een geheime liefde voor Percy. Aan het eind vertrekt ze met haar vader naar een privéschool in San Francisco.
De laatste Olympiër
In het laatste boek verschijnt Annabeth voor het eerst wanneer Percy terugkeert van het opblazen van Kronos' schip, de Prinses Andromeda. Na zijn aankomst helpt Annabeth Percy de Grote Profetie te horen. Percy baadt in de River Styx (hij ontsnapt ternauwernood door zich voor te stellen dat Annabeth hem uit de rivier trekt) en belt Annabeth, om haar te vertellen dat hij hem voor het Empire State Building zal ontmoeten met alle halfgoden van Kamp Halfbloed. Wanneer Annabeth en Percy naar Olympus gaan, ontmoeten ze Hermes, bij wie Annabeth zich probeert te verontschuldigen omdat Luke in Kronos is veranderd. Hermes wordt boos op haar en verwijt haar dat ze Luke niet heeft gered. Hermes vertrekt, en ze keren terug naar de andere kampeerders om Manhattan en de berg Olympus te verdedigen. In de strijd probeert Ethan Nakamura Percy in zijn rug te steken, zijn Achilles plek, en Annabeth springt voor hem en pakt het mes. Na een paar uur rust, gaat Annabeth, hoewel nog steeds zwak van het gif, weer de strijd aan. Kronos gaat naar Olympus, en Grover, Thalia, Percy en Annabeth volgen hem. Kronos valt Percy aan, en Annabeth sluit zich aan bij het gevecht, maar wordt uitgeschakeld wanneer Kronos haar tegen Athena's troon slaat. Uiteindelijk redt ze Percy en Olympus door eindelijk de ware betekenis van de profetie in te zien. Ze overtuigt Percy om Luke haar mes te geven (dat Luke haar gaf toen ze zeven was) zodat hij zichzelf kan steken, waardoor hij zichzelf doodt en Kronos opnieuw naar Tartarus wordt verbannen. Ze wordt beloond door de goden, die haar toestaan haar talenten als architect te gebruiken om de berg Olympus te herbouwen. Percy Jackson weigert de onsterfelijkheid vanwege zijn gevoelens voor Annabeth. In Camp Half-Blood in de eetzaal later die dag, kust Annabeth Percy nadat hij zijn gevoelens voor haar heeft toegegeven. Ze waarschuwt hem dat ze het hem nooit gemakkelijk zal maken. Hierna kussen ze onder water nadat afluisteraars hen in het kanomeer hebben gedumpt.