Scilly is al bewoond sinds het Neolithicum. Tot het begin van de 20e eeuw was het een zelfvoorzienend bestaan (de mensen leefden van wat ze van het land of uit de zee konden halen). Landbouw en visserij zijn er nog steeds, maar de belangrijkste industrie is nu het toerisme.
Het is waarschijnlijk dat de eilanden tot vrij recente tijden veel groter waren en dat vele ervan samengevoegd waren tot één eiland, Ennor genaamd. De stijgende zeespiegel overspoelde de centrale vlakte rond 400-500 AD, waardoor de huidige eilanden ontstonden.
Bewijsmateriaal voor het oudere grote eiland omvat:
- In een beschrijving uit de Romeinse tijd wordt Scilly beschreven als "Scillonia insula" in het enkelvoud, alsof het om één enkel eiland gaat of om een eiland dat veel groter is dan alle andere.
- Op Nornour zijn overblijfselen gevonden van een prehistorische boerderij, die nu een kleine rotsachtige skerry is die veel te klein is voor landbouw.
- Bij bepaalde eb- en vloedstanden wordt de zee zo ondiep dat men tussen sommige eilanden kan lopen. Dit is mogelijk een van de bronnen van de verhalen over verdronken landen, b.v. Lyonesse.
- Oude akkerwallen zijn zichtbaar onder de hoogwaterlijn bij sommige eilanden (bijv. Samson).
- Sommige plaatsnamen in de Cornish-taal lijken ook te verwijzen naar vroegere kustlijnen en vroegere landgebieden.
- Heel Zuid-Engeland is gestaag gezonken, in tegenstelling tot de postglaciale opleving in Schotland.
Voor de kust, halverwege tussen Land's End en de Scilly-eilanden, ligt de vermoedelijke locatie van het mythische verloren land Lyonesse, waarnaar wordt verwezen in de Arthuriaanse literatuur.
Scilly is geïdentificeerd als de plaats van ballingschap van twee ketterse bisschoppen uit de 4e eeuw, Instantius en Tiberianus, die volgelingen waren van Priscillianus.
