Aan het eind van de negentiende eeuw begon de Britse Noord-Borneo Compagnie (BNBC) kolonies te stichten in heel Noord-Borneo (het huidige Sabah). In 1882 stichtte de compagnie een kleine nederzetting op het eiland Gaya (Pulau Gaya), dat reeds bewoond werd door het Bajau-volk. In 1897 werd deze eerste nederzetting in brand gestoken en verwoest door Bajau rebellen onder leiding van Mat Salleh.
Na de opstand besloot de compagnie de nederzetting te verplaatsen naar het beter verdedigbare vasteland tegenover Pulau Gaya. Een nabijgelegen vissersdorp genaamd Api-Api (zie Oorspronkelijke namen hieronder), werd de volgende nederzetting van de compagnie. Deze nieuwe locatie werd vervolgens aangewezen als de belangrijkste haven en het eindpunt voor de Noord-Borneo spoorweg. Het werd uitgebreid en omgedoopt tot Jesselton, genoemd naar Sir Charles Jessel, de toenmalige vice-voorzitter van de compagnie.
Uiteindelijk werd Jesselton een belangrijke handelspost van Noord-Borneo, waar werd gehandeld in rubber, rotan, honing en was. De nieuwe spoorweg werd gebruikt om goederen naar de haven van Jesselton te vervoeren. Bajau-opstanden waren in deze tijd niet ongewoon, en de compagnie probeerde de al lang bestaande dreiging van piraterij in de regio de kop in te drukken.
Jesselton werd in het begin van de Tweede Wereldoorlog door de terugtrekkende Britten met de grond gelijk gemaakt om te voorkomen dat het in handen van de Japanners zou vallen. Na de Japanse overname van Borneo werd het weer omgedoopt in Api. In Api hebben opstanden tegen het Japanse militaire bestuur plaatsgevonden. Een grote opstand vond plaats in 1943 door de groep genaamd Kinabalu Guerrilla's, bestaande uit plaatselijke bewoners. De opstand werd echter door de Japanse strijdkrachten neergeslagen, nadat hun leider, Albert Kwok, in 1944 was gearresteerd en geëxecuteerd. In de latere stadia van de oorlog werd wat van de stad was overgebleven opnieuw verwoest door geallieerde bombardementen als onderdeel van de Borneo Campagne in 1945, waarbij slechts drie gebouwen overeind bleven. De oorlog in Noord-Borneo eindigde met de officiële overgave van het Japanse 37e Leger door luitenant-generaal Baba Masao in Labuan op 10 september 1945.
Na de oorlog keerde de Britse Noord-Borneo Compagnie terug om Jesselton te besturen, maar zij was niet in staat de enorme kosten van de wederopbouw te financieren. Zij gaven de controle over Noord-Borneo in 1946 aan de Britse Kroon. De nieuwe koloniale regering koos ervoor Jesselton te herbouwen als hoofdstad van Noord-Borneo in plaats van Sandakan, dat ook door de oorlog was verwoest.
Toen Noord-Borneo samen met Sarawak, Singapore en de Federatie van Maleisië in 1963 de Federatie van Maleisië vormde, werd de staat bekend als Sabah en bleef Jesselton de hoofdstad. Jesselton werd op 30 september 1968 omgedoopt tot Kota Kinabalu en kreeg van de Maleisische regering op 2 februari 2000 de officiële status van stad.
Etymologie
Kota Kinabalu is genoemd naar de bergKinabalu, ongeveer 90 kilometer ten oostnoordoosten van de stad. De betekenis en oorsprong van de naam Kinabalu is onzeker. Eén theorie suggereert dat het "Chinese weduwe" betekent, waarbij Kina "Chinees" (persoon) betekent in de Kadazandusun-taal, en balu "weduwe" in de Maleise taal. Deze theorie is afgeleid van een volksverhaal over een Chinese prins die naar de berg kwam op zoek naar een reusachtige parel die werd bewaakt door een draak op de top van de berg. Terwijl hij hier was, trouwde hij met een plaatselijke vrouw, maar keerde later terug naar China en liet de vrouw met gebroken hart achter. Er wordt ook beweerd dat Kinabalu of Akinabalu de naam is van de draak die de reusachtige parel zelf bewaakt. Een andere theorie suggereert dat de term is afgeleid van de naam Aki Nabalu die de "vereerde plaats van de doden" betekent, waarbij Aki "voorouders" of "grootvader" betekent, en Nabalu een naam voor de berg is in de Dusun-taal. Tenslotte is er ook een bron die beweert dat de term afkomstig is van Ki Nabalu, waarbij Ki "hebben" of "bestaan" betekent, en Nabalu "geest van de doden".
Kota is een Maleis woord voor een "fort", "stad", of een "stad". Het wordt ook formeel gebruikt in een paar andere Maleise steden, bijvoorbeeld Kota Bahru, Kota Tinggi en Kota Kemuning. Het kan ook informeel worden gebruikt om naar een stad te verwijzen. Voortaan zou een directe vertaling van de naam Kota Kinabalu in het Engels zijn: "City of Kinabalu" of "Kinabalu City".
Oorspronkelijke namen
Naast Jesselton zijn er nog een aantal andere beweringen over de oorspronkelijke naam voor Kota Kinabalu. De meest populaire, zoals hierboven vermeld, is Api-Api, of soms gewoon Api, wat een Maleis woord is dat "vuur" betekent. Het werd blijkbaar zo genoemd door de hoofdzakelijk Bajau lokale bevolking om de brand in het Britse administratiekantoor in Pulau Gaya aan te duiden die was aangestoken door Mat Salleh, evenals andere brandincidenten die gewoonlijk door piraten werden gepleegd. Er werd echter beweerd dat het eigenlijk genoemd was naar een nabijgelegen rivier genaamd Sungai Api-Api. Een andere theorie stelt dat "Api-Api" de plaatselijke naam is van de gewone Avicennia-boom die in overvloed rond het gebied groeit. Vertaald in de formele Chinese naam Ya Bi (亚庇 yà bì), namen ook de Hakkas hier deze naam over (亚庇, "ah-bi", wat in Hakka, Chinese dialecten wordt uitgesproken) en sommigen gebruiken deze naam tot op de dag van vandaag. Naast Api-Api was een andere voorgestelde historische naam Deasoka, wat ruwweg "onder de kokospalm" betekent in de taal van de Bajau. De inwoners van Bajau gebruikten deze naam naar verluidt om te verwijzen naar een dorp in het zuidelijke deel van de stad dat vol stond met kokospalmen. Een andere naam was Singgah Mata, wat letterlijk "doorgangsoog" betekent, maar losjes kan worden vertaald als "een lust voor het oog". Het is een naam die naar verluidt werd gegeven door vissers van Pulau Gaya, verwijzend naar de strook land van wat nu het stadscentrum van Kota Kinabalu is. Vandaag zijn al deze namen vereeuwigd in namen van straten of gebouwen rond de stad. Enkele voorbeelden zijn: Lintasan Deasoka, Api-Api Centrum, Jalan Singgah Mata, en Jesselton Point.